同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002656

染色体: Chr06 坐标: 38377197-38384214 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002656
名称SmilChr06G002656
描述uncharacterized SmilChr06G002656
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向38377197 - 38384214 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989407
GeneID130989407
locus_tag-
NCBI NameLOC130989407
原始查询SmilChr06G002656

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-galactosidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822417]; symbol=AT3G27930; hit=AT3G27930; species=arabidopsis; confidence=high
产物beta-galactosidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822417]; symbol=AT3G27930; hit=AT3G27930; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G27930 (AT3G27930)
beta-galactosidase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822417]
identity=66.17; qcov=0.948; evalue=0.0; confidence=high
RiceOs05g0577800
-
identity=58.44; qcov=0.96; evalue=4.31e-180; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989407

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057769377.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.60000 XP_057769377.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057769377.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057769377.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057769377.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:38378132 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C48
Chr6:38378132 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913396.1
AATTATAACTCTTAAATATCCATCGAAATATGGTGATATTGATAATTTGTAGGATTCTAATATATCATGGACTTTAAAGGATTCTTAATGTCCTAATATAAATACAAAACTCCTCCAGAAATTTCATCTCTACGTAAGAGATTTTGATATATTCCGTGTTTCTCTCCATCGAATGTGAACAAGAAAAAGATATCAGAAGAAAGTCGTAGCTCGCCGGAGATGGGGAATTTGTTCACGTTTCAGTCGCCGCCGCCTCCGCC...
XM_057913395.1
ATTATAACTCTTAAATATCCATCGAAATATGGTGATATTGATAATTTGTAGGATTCTAATATATCATGGACTTTAAAGGATTCTTAATGTCCTAATATAAATACAAAACTCCTCCAGAAATTTCATCTCTACGTAAGAGATTTTGATATATTCCGTGTTTCTCTCCATCGAATGTGAACAAGAAAAAGATATCAGCCCATTTAGTGACTGCACCAATTGCACACACGGAACGAGAGAGAGAGAGGGGTCCACTCACAGAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130989407
ATGGGGAATTTGTTCACGTTTCAGTCGCCGCCGCCTCCGCCGCCGATGGTGCTGGTCCCGCCGCTCTTCGATTTCCCTCCCCTCGCCGCCCGTACGAGAATGCTGGAATCGTCTTACGACATGCTGTTTGGAAAGCTGGCCCTGAAATGCCTCTTCGAGGACTATTTCGAAGAAGCGCGGCACTTCAACACGAGAATTATGCTCAAGCCGATTGATGATCCGCATGTCGATTTGATTGCGGCTGTTGCTGGTCCACTCGA...
LOC130989407
ATGGGGAATTTGTTCACGTTTCAGTCGCCGCCGCCTCCGCCGCCGATGGTGCTGGTCCCGCCGCTCTTCGATTTCCCTCCCCTCGCCGCCCGTACGAGAATGCTGGAATCGTCTTACGACATGCTGTTTGGAAAGCTGGCCCTGAAATGCCTCTTCGAGGACTATTTCGAAGAAGCGCGGCACTTCAACACGAGAATTATGCTCAAGCCGATTGATGATCCGCATGTCGATTTGATTGCGGCTGTTGCTGGTCCACTCGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057769377.1
MGNLFTFQSPPPPPPMVLVPPLFDFPPLAARTRMLESSYDMLFGKLALKCLFEDYFEEARHFNTRIMLKPIDDPHVDLIAAVAGPLDYKPDEKIAANAQFRWQSDVLDPHTFVDLSVSNSDPTLMMRSCAYYPKFGFGAFGIFPLLLKQRNSSEDYGIMGLRYGSSNLSVGATFVPFPAATDELPKKAWLVSKMGRLTAGVQYEPTFGSTDGPRYKNLANWSCAMGYGLGSGSPLSPSFNFGLELAKNSQFIASFYQHVV...
XP_057769378.1
MGNLFTFQSPPPPPPMVLVPPLFDFPPLAARTRMLESSYDMLFGKLALKCLFEDYFEEARHFNTRIMLKPIDDPHVDLIAAVAGPLDYKPDEKIAANAQFRWQSDVLDPHTFVDLSVSNSDPTLMMRSCAYYPKFGFGAFGIFPLLLKQRNSSEDYGIMGLRYGSSNLSVGATFVPFPAATDELPKKAWLVSKMGRLTAGVQYEPTFGSTDGPRYKNLANWSCAMGYGLGSGSPLSPSFNFGLELAKNSQFIASFYQHVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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