Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002662

染色体: Chr06 坐标: 38467070-38467586 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002662
名称SmilChr06G002662
描述uncharacterized SmilChr06G002662
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向38467070 - 38467586 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990882
GeneID130990882
locus_tag-
NCBI NameLOC130990882
原始查询SmilChr06G002662

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990882

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771092.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057771092.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771092.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771092.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771092.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:38467075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C40,C61
Chr6:38467101 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr6:38467102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr6:38467108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C72
Chr6:38467195 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 25 A11,A15,A19,A4,B127,B132,B24,B40,B41,B5,B58,B59,B6,B66,B71,B89,C10,C20,C21,C36,C62,C67,C85,D11,D3
Chr6:38467214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,C32,C48,C68
Chr6:38467215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr6:38467253 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,C33,C87,C9
Chr6:38467255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B82,C12,C7
Chr6:38467277 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B48,B90,B92,B98,C21,C33,C44
Chr6:38467288 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B100,B62,C25,C66,C87
Chr6:38467288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B62,C25,C66,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915109.1
ATGGCGTGGAAGCTTATTTGTGGCAAGAGCTTCGGGTTTTCGATTCTGCAGGAGAGATACTTGAACAATTTTCGACAGGTGAGATGTGATTCGATCTCGTCGTCTGTTTGGCTTGGTCTTAAGGAAGAGGTGAGCGATCTGGTTGACAATTCCTACAGCTATATTGATGATGGCACGGCCACGAACTTCTGGTGCGATGACTGGCTGGGTTACAGAATCTATGAGAAATGCAGGGTTCCTCATTATGTCCAAGATTTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990882
ATGGCGTGGAAGCTTATTTGTGGCAAGAGCTTCGGGTTTTCGATTCTGCAGGAGAGATACTTGAACAATTTTCGACAGGTGAGATGTGATTCGATCTCGTCGTCTGTTTGGCTTGGTCTTAAGGAAGAGGTGAGCGATCTGGTTGACAATTCCTACAGCTATATTGATGATGGCACGGCCACGAACTTCTGGTGCGATGACTGGCTGGGTTACAGAATCTATGAGAAATGCAGGGTTCCTCATTATGTCCAAGATTTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771092.1
MAWKLICGKSFGFSILQERYLNNFRQVRCDSISSSVWLGLKEEVSDLVDNSYSYIDDGTATNFWCDDWLGYRIYEKCRVPHYVQDLLRHSVADYFYDGVWHFTQDFINAFPEIVGDILVLPIGEDSDTRYWKPSIHAGVLGSGRIIFQLDAL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器