当前解析结果
SmilChr06G002666| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002666 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002666 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002666 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 38578000 - 38580035 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990884 |
|---|---|
| GeneID | 130990884 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990884 |
| 原始查询 | SmilChr06G002666 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0202300- identity=26.8; qcov=0.352; evalue=2.56e-17; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00075 (RNase_H); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990884 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057771094.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057771094.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057771094.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771094.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771094.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:38578039 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B113,B138,B79,B95 |
Chr6:38578041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:38578069 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B107,C24 |
Chr6:38578072 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B32,C73,C86 |
Chr6:38578090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B67,B97,C44 |
Chr6:38578098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,C64,C66 |
Chr6:38578101 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr6:38578103 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A23,D11 |
Chr6:38578125 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,C27 |
Chr6:38578138 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A13,A4,C13,C14,C81 |
Chr6:38578157 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,C27 |
Chr6:38578187 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,A4,C13,C14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771094.1PF17919
RT_RNaseH_2 84-182 aa
PF17917
RT_RNaseH 112-211 aa
PF00075
RNase_H 243-358 aa
PF13456
RVT_3 255-363 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771094.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 84 | 182 | 2.4e-19 | 70.0 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057771094.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 112 | 211 | 8.4e-15 | 55.5 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057771094.1 |
Pfam | PF00075 |
RNase_H | Domain | 243 | 358 | 9.1e-06 | 26.6 | RNase H |
XP_057771094.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 255 | 363 | 4.5e-10 | 40.2 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。