当前解析结果
SmilChr06G002667| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002667 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002667 |
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 38586886 - 38587656 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990885 |
|---|---|
| GeneID | 130990885 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990885 |
| 原始查询 | SmilChr06G002667 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 产物 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| Arabidopsis | AT4G23160 (CRK8)cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=32.8; qcov=0.703; evalue=6.68e-25; confidence=low |
| Rice | Os11g0656500- identity=40.3; qcov=0.844; evalue=1.61e-44; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990885 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057771095.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057771095.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057771095.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771095.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771095.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:38586946 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B103,B84,C13 |
Chr6:38586968 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:38587054 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B102,B17,B99 |
Chr6:38587072 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B17,B99 |
Chr6:38587078 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B17,B99 |
Chr6:38587103 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,D7 |
Chr6:38587229 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,C1,C36,C45,C52 |
Chr6:38587241 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,C73 |
Chr6:38587278 |
C |
CCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A16,C26 |
Chr6:38587278 |
C |
CCT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | A16,C26 |
Chr6:38587295 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A23,B14,C84 |
Chr6:38587295 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | A23,B14,C84 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。