Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002672`

染色体: Chr06 坐标: 38647007-38652275 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002672`
名称	SmilChr06G002672
描述	formate dehydrogenase, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	38647007 - 38652275 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989411`
GeneID	`130989411`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989411`
原始查询	`SmilChr06G002672`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	formate dehydrogenase, mitochondrial
产物	formate dehydrogenase%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT5G14780` (FDH) formate dehydrogenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831330] identity=82; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0486800` (OsFDH) - identity=81.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0008863 (formate dehydrogenase (NAD+) activity); GO:0009507 (chloroplast); GO:0016616 (oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor); GO:0051287 (NAD binding)
KEGG	smil00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00389 (2-Hacid_dh); PF02826 (2-Hacid_dh_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989411

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057769388.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057769388.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769388.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769388.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769388.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:38649239`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr6:38649247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B65,C49,C80
`Chr6:38649381`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C36
`Chr6:38649381`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C36
`Chr6:38649383`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C36
`Chr6:38649383`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C36
`Chr6:38650313`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C22
`Chr6:38650342`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B105,B134,B84
`Chr6:38650492`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr6:38652003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr6:38652084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769388.1

382 aa

191

382

2-Hacid_dh

2-Hacid_dh_C

PF00389 2-Hacid_dh 71-364 aa PF02826 2-Hacid_dh_C 160-338 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769388.1`	Pfam	`PF00389`	2-Hacid_dh	Domain	71	364	7e-15	55.6	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain
`XP_057769388.1`	Pfam	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	Domain	160	338	9e-51	172.4	D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913405.1
ATACCCAGCTTATTGATTTTTTTTGAAATAAAATTTATGAATTATGTATTTTGTCAAAAAAAAAAAAAAAGAATTTATGAATTATGTATCGTCAATGAATAAACAGTGGTTAGGGACAAACGTCCATTATTGTCTACCTTTCCAACTCGCTATATAAAGGCAGCATAATCTTAGTTACTTCACACCTCTCTCCCGTTCGCCACCATACGGTGCTCTCCAATTGCCGTCTCTTTCCTTCTAATCATTTCTCTCCGATCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989411
ATGGCGATGAAACGCGTCGGTGCTTCTGCAGTTCGTGCGCTCACCTCTTCACCTGCTTCTTCACTTGTCACCAGACACCTCCATGCTTCTCCTGGCAGCAAGAAGATCGTGGGCGTCTTCTACAAGGCAAACGAGTATGCTGCGATGAATCCAAATTTCCTAGGCTGTGTTGAAAATGCATTAGGCATACGCGAATGGTTGGAATCCCAGGGTCACCAGTACATAGTCACTCCGGACAAAGATGGACCAGGCTGCGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769388.1
MAMKRVGASAVRALTSSPASSLVTRHLHASPGSKKIVGVFYKANEYAAMNPNFLGCVENALGIREWLESQGHQYIVTPDKDGPGCELDKHIPDLHVLISTPFHPAYVTAERIKKAKNLQLLLTAGIGSDHIDLKAAADAGLTVAEVTGSNTVSVAEDELMRILILVRNFLPGHHQVISGEWNVAAIAHRAYDLEGKTVGTVGAGRIGRLLLQRLKPFNCNLLYHDRLKMDPELESEIGATFEENLDAMLPKCDIIVINTP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器