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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002673

染色体: Chr06 坐标: 38652481-38655857 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002673
名称SmilChr06G002673
描述protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 6, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向38652481 - 38655857 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989455
GeneID130989455
locus_tag-
NCBI NameLOC130989455
原始查询SmilChr06G002673

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 6, mitochondrial-like
产物protein NUCLEAR FUSION DEFECTIVE 6%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G55205 (AT1G55205)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007805]
identity=54.4; qcov=0.442; evalue=5.72e-09; confidence=low
RiceOs01g0738000
-
identity=66.7; qcov=0.635; evalue=6.44e-17; confidence=low
GOGO:0005739 (mitochondrion)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989455

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769453.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769453.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769453.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769453.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769453.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:38654395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,A23,C82
Chr6:38654398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr6:38654584 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B128
Chr6:38654584 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 B128
Chr6:38654621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B21,B35,C5,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913470.1
ATTTTTTTATTTTTTAATTAAATTATGGGGCCCACCTTCACCATTTTCTAACACTATCTTTCTCTCTCTCAATTTCTTCTCCATCGGCTTGTCAGCCCATCTCCGGCGAAATCGCCGCCGGCGTATCGCCTCCGCTCCTGTCTGGTAAGCTCGCGGTTTATTGCTTTGATGCATCTATTTCAAGATATTTTCATGTTGTTGTTAGAAGCACAGCCACAGAATTTAAAAATTCCACCAAATATTAATCAATCAACAACCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989455
ATGGCATCCTGCGCTAGAAATCTGGTGCAACGATCTTCCAACACCGCGAAAACGCTGCTGTTCCGCAGCCAATCATCGCATTCCGTTCCCGCCGGAGCACCAAAGCTCAGCGGAATCGCAGCCACCTTACCGCGGCCGTCACCTCGCCTCCGCCCCTTCTTCTCCTCCACCTCCAGGCTGCCGGTGGAACTAGGGTGTGGAGAGTCGTTGATGCCCCTCCATTCTGCGACGGCATCGGCATTGCTGAATTCGATGCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769453.1
MASCARNLVQRSSNTAKTLLFRSQSSHSVPAGAPKLSGIAATLPRPSPRLRPFFSSTSRLPVELGCGESLMPLHSATASALLNSMLSSKVGRWGYLSEGFATPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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