当前解析结果
SmilChr06G002681| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002681 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002681 |
| 描述 | pleiotropic drug resistance protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 38707295 - 38749088 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989443 |
|---|---|
| GeneID | 130989443 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989443 |
| 原始查询 | SmilChr06G002681 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pleiotropic drug resistance protein 2-like |
| 产物 | pleiotropic drug resistance protein 2-like |
| Arabidopsis | AT1G66950 (ABCG39)pleiotropic drug resistance 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843013] identity=66.4; qcov=0.634; evalue=2.27e-50; confidence=medium |
| Rice | Os02g0208300 (OsABCG39)- identity=42.9; qcov=0.918; evalue=4.39e-41; confidence=medium |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0140359 (ABC-type transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01061 (ABC2_membrane) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989443 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057769438.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057769438.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057769438.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057769438.1 |
| 5 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057769438.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:38707667 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B75 |
Chr6:38707685 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,C42 |
Chr6:38707755 |
C |
CTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 12 | B131,B71,B84,C2,C22,C5,C51,C65,C74,C83,D2,D6 |
Chr6:38707760 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B140,B17,B73,C56 |
Chr6:38707770 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr6:38707774 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,B52,B72 |
Chr6:38707813 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,B52,B72 |
Chr6:38707975 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 70 | A13,A14,A18,A19,A2,A20,A23,A25,A7,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B118,B120,B121,B123,B135,B136,B137,B16,B22,B24,B3,B49,B51,B53,B58,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B75,B79,B8,B93,B94,B99,C11,C12,C14,C2,C24,C30,C32,C33,C34,C39,C4,C45,C46,C47,C50,C52,C59,C68,C69,C7,C72,C74,C75,C79,C82,C83 |
Chr6:38707982 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,A24,B140,C42 |
Chr6:38707999 |
GAT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C2 |
Chr6:38707999 |
GAT |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr6:38708043 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769438.1PF01061
ABC2_membrane 62-180 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769438.1 |
Pfam | PF01061 |
ABC2_membrane | Domain | 62 | 180 | 2.5e-20 | 73.6 | ABC-2 type transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。