当前解析结果
SmilChr06G002683| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002683 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002683 |
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 38754722 - 38757999 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990887 |
|---|---|
| GeneID | 130990887 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990887 |
| 原始查询 | SmilChr06G002683 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bidirectional sugar transporter SWEET5-like |
| 产物 | bidirectional sugar transporter SWEET5-like |
| Arabidopsis | AT5G62850 (AtVEX1)Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836406] identity=49.4; qcov=1; evalue=2.33e-77; confidence=high |
| Rice | Os01g0606000 (OsSWEET6a)- identity=50.4; qcov=0.979; evalue=2.66e-75; confidence=high |
| GO | GO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03083 (MtN3_slv) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990887 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057771097.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771097.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771097.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771097.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771097.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:38754761 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B12,C18,C37 |
Chr6:38754761 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B12,C18,C37 |
Chr6:38754807 |
T |
TAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 3 | A13,B121,C67 |
Chr6:38754807 |
T |
TAG |
2bp_insertion | CDS_variant | 3 | A13,B121,C67 |
Chr6:38754834 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771097.1PF03083
MtN3_slv 10-96 aa
PF03083
MtN3_slv 134-219 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771097.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 10 | 96 | 5.6e-44 | 148.8 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
XP_057771097.1 |
Pfam | PF03083 |
MtN3_slv | Repeat | 134 | 219 | 5.6e-44 | 148.8 | Sugar efflux transporter for intercellular exchange |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。