Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002692

染色体: Chr06 坐标: 38833658-38844093 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002692
名称SmilChr06G002692
描述UDP-glycosyltransferase 90A1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向38833658 - 38844093 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989404
GeneID130989404
locus_tag-
NCBI NameLOC130989404
原始查询SmilChr06G002692

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 90A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 90A1-like
ArabidopsisAT2G16890 (AT2G16890)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816190]
identity=46.9; qcov=1.03; evalue=6.71e-137; confidence=high
RiceOs09g0330000
-
identity=38.1; qcov=1.04; evalue=1.83e-100; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989404

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057769370.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057769370.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769370.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769370.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769370.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:38833814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,B91,C57
Chr6:38833839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr6:38833849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B65,C49,C62,D10
Chr6:38833960 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B24
Chr6:38833960 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B24
Chr6:38833981 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B1
Chr6:38833981 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B1
Chr6:38833991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr6:38834033 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 6 B131,B64,B83,C2,C59,C68
Chr6:38834042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr6:38834081 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B131
Chr6:38834081 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769370.1
446 aa
N
1
223
446
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 262-405 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769370.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 262 405 4.6e-12 46.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913387.1
CTCAATCCCCCCAAAAAAAAATAGAGAAGAAAAAATGGGTTCACCTCACATACTTCTCTTCCCATTCCTAGCCAAAGGCCACGCCATACCCCTCCTCCACCTCGCCCGCCTCCTCCTCCACCACGGCGCTGCCGTGACCCTCGTCACCACCCCCGCGAACCGCTCCTTCATCCGCAGCTCCCTCCCCTCCGCCATCTCCGTCGTCGACATCCCCTTCCCTCAGAACATCCCTGGCATCCCTCCCGGCGTCGAGAGCACCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989404
ATGGGTTCACCTCACATACTTCTCTTCCCATTCCTAGCCAAAGGCCACGCCATACCCCTCCTCCACCTCGCCCGCCTCCTCCTCCACCACGGCGCTGCCGTGACCCTCGTCACCACCCCCGCGAACCGCTCCTTCATCCGCAGCTCCCTCCCCTCCGCCATCTCCGTCGTCGACATCCCCTTCCCTCAGAACATCCCTGGCATCCCTCCCGGCGTCGAGAGCACCGACAAACTCCCCAACATCTCTCTGTGGGTCCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769370.1
MGSPHILLFPFLAKGHAIPLLHLARLLLHHGAAVTLVTTPANRSFIRSSLPSAISVVDIPFPQNIPGIPPGVESTDKLPNISLWVPLAAAAKLMQPHFDQLLKSLLPAVSLVISDDFFPWTLDSATRHGVPRFVFYAMGAFSLSLILAVARRRFVEESSGDTLNPTDFPWIKIRREDIDPLFIDPEFVGTDIHNFAYENIESSSRSHGIVINTFFELESAYVNAYPKMWCLGPFSTAVEPPENDMRPASMKWLDEKLGRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器