Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002696`

染色体: Chr06 坐标: 38879766-38881298 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002696`
名称	SmilChr06G002696
描述	uncharacterized SmilChr06G002696
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	38879766 - 38881298 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990892`
GeneID	`130990892`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990892`
原始查询	`SmilChr06G002696`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0208400` - identity=40.4; qcov=0.994; evalue=2.41e-124; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02992 (Transposase_21)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990892

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771103.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771103.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771103.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771103.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057771103.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:38879856`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A10,C83
`Chr6:38879856`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A10,C83
`Chr6:38879860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,B64,C63
`Chr6:38879925`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	106	A1,A15,A16,A19,A21,A22,A23,A3,A4,A6,A8,B101,B104,B105,B107,B109,B11,B112,B119,B126,B129,B134,B135,B137,B139,B14,B15,B17,B18,B19,B21,B23,B24,B25,B3,B30,B31,B36,B39,B40,B42,B43,B47,B48,B5,B54,B56,B57,B59,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B71,B78,B83,B86,B87,B88,B91,B96,B98,C11,C12,C15,C16,C17,C19,C22,C24,C30,C31,C32,C33,C36,C4,C40,C42,C43,C46,C47,C48,C49,C5,C55,C56,C59,C64,C65,C67,C68,C69,C7,C71,C73,C74,C8,C9,D1,D3,D5,D6
`Chr6:38879943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B3
`Chr6:38879975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C20
`Chr6:38879975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr6:38880030`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr6:38880052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B118,B85,C44
`Chr6:38880134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B70,C58
`Chr6:38880142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B87,D8,D9
`Chr6:38880369`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B21,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771103.1

510 aa

255

510

Transposase_21

PF02992 Transposase_21 172-382 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771103.1`	Pfam	`PF02992`	Transposase_21	Family	172	382	1.3e-95	319.4	Transposase family tnp2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915120.1
ATGATTCACGATGCGTATGATGTCTATGAAAATAACCCAACCTATTTTCAGACGTTGCTTGAAGACACTGAAAAACCTCTATATCCTGGTTGTAGTCAATTTACCAAGCTATCTGCCACTATTAAATTGTACAATTTGAAGGCGAAACATGGTTGGAGTGATAGTAGTTTCAATGATCTATTGAAATTGGTAAAAGAAATGCTCCCTGAAAGCAATTCCATGCCTTTTTCTTTGTACGATGCAAAGAAAACCTTAAGCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990892
ATGATTCACGATGCGTATGATGTCTATGAAAATAACCCAACCTATTTTCAGACGTTGCTTGAAGACACTGAAAAACCTCTATATCCTGGTTGTAGTCAATTTACCAAGCTATCTGCCACTATTAAATTGTACAATTTGAAGGCGAAACATGGTTGGAGTGATAGTAGTTTCAATGATCTATTGAAATTGGTAAAAGAAATGCTCCCTGAAAGCAATTCCATGCCTTTTTCTTTGTACGATGCAAAGAAAACCTTAAGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771103.1
MIHDAYDVYENNPTYFQTLLEDTEKPLYPGCSQFTKLSATIKLYNLKAKHGWSDSSFNDLLKLVKEMLPESNSMPFSLYDAKKTLSTLGLDYDKIHACPNDCILYRKEYLDSSDCPTCGMSRWKVNKKGKAMPGVPSKVLWYFPPIPRFRRMFRTREIAKELVWHADERKRDGKLRHPADAPAWRLVDHKWPDFGNEPRNLRLALATDGMNPHNMMNSNYSCWPVVLVTYNLPPWLCMKRRFMMLTLLISGPKQPGNDID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器