当前解析结果
SmilChr06G002702| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002702 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002702 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 90A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 38980794 - 38982692 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989398 |
|---|---|
| GeneID | 130989398 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989398 |
| 原始查询 | SmilChr06G002702 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 90A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 90A1-like |
| Arabidopsis | AT2G16890 (AT2G16890)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816190] identity=49.7; qcov=0.996; evalue=1e-161; confidence=high |
| Rice | Os09g0330000- identity=38.5; qcov=0.99; evalue=1.05e-117; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989398 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057769362.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057769362.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769362.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769362.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769362.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:38981208 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B1,B118 |
Chr6:38981248 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A18 |
Chr6:38981274 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B12 |
Chr6:38981289 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C51,C74,D11 |
Chr6:38981415 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | C37,C73,C86,C87,D5 |
Chr6:38981431 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A10,B31,B66,B78,B98,C23,C79 |
Chr6:38981488 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr6:38981875 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr6:38981994 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,B137,B55,C2 |
Chr6:38982001 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B140 |
Chr6:38982001 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr6:38982021 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B121,B45,C55,C73 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769362.1PF00201
UDPGT 279-426 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769362.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 279 | 426 | 3.7e-20 | 73.0 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。