Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002703`

染色体: Chr06 坐标: 38985844-38990127 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002703`
名称	SmilChr06G002703
描述	cyclic nucleotide-gated ion channel 18
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	38985844 - 38990127 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989388`
GeneID	`130989388`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989388`
原始查询	`SmilChr06G002703`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cyclic nucleotide-gated ion channel 18
产物	cyclic nucleotide-gated ion channel 18
Arabidopsis	`AT5G14870` (CNGC18) cyclic nucleotide-gated channel 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831339] identity=66; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0789100` (OsCNGC5) - identity=59; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005216 (monoatomic ion channel activity); GO:0006811 (monoatomic ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00027 (cNMP_binding); PF00520 (Ion_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989388

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057769347.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769347.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769347.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769347.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769347.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:38986173`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,C26,C45,C52
`Chr6:38986208`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr6:38986239`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,D1
`Chr6:38986249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C6
`Chr6:38986249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr6:38986251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr6:38986262`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,C26,C45,C52
`Chr6:38986437`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,C26,C45,C52
`Chr6:38986589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr6:38986602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr6:38987069`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,C26,C45,C52
`Chr6:38987111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769347.1

683 aa

342

683

Ion_trans

cNMP_binding

PF00520 Ion_trans 61-389 aa PF00027 cNMP_binding 485-574 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769347.1`	Pfam	`PF00520`	Ion_trans	Family	61	389	6.6e-19	68.8	Ion transport protein
`XP_057769347.1`	Pfam	`PF00027`	cNMP_binding	Domain	485	574	1.1e-08	35.6	Cyclic nucleotide-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913364.1
GACCAAAAAACACTTTGTTCGTTTCTGCTCGAAAAAACACCACAAAACTCAATCAACCCCTCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGAGAGAGAGAAAAAGAAGATCGAGGAATCAAATTCTGGGGGAAAGAAAATCGGGGTCCGCCATGGAAGATGAATAGGATATTCTCCCGGCCGGCCTCCCACCTCCGCCATCTCCGCCGCTCGGCGACCTCCCGGCGCCGTCCCCAGGCGCACGACCCCGCGGCCGCCGCCGCCGCGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989388
ATGAATAGGATATTCTCCCGGCCGGCCTCCCACCTCCGCCATCTCCGCCGCTCGGCGACCTCCCGGCGCCGTCCCCAGGCGCACGACCCCGCGGCCGCCGCCGCCGCGGCGGACGAGCCCAACTCCCTGACGATCCTATGGCACTACCAGATCTTGGACCCCAACAGCGACATCGTGAACCTGTGGAACCACATCTTCCTCATCACCTGCTTGGTCTCCCTATTCATCGACCCTCTCTACTTCTACCTCCCCTACGTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769347.1
MNRIFSRPASHLRHLRRSATSRRRPQAHDPAAAAAAADEPNSLTILWHYQILDPNSDIVNLWNHIFLITCLVSLFIDPLYFYLPYVEDGAACMNIDTSASILITYFRTVTDFFYFLHMLMKFRMAFVAPSSRVFGRGELVMDPTQITMRYLKSDFIVDLTATLPLPQIVIWYVIPATKTDGGGHSNNTLALIVLIQYIPRLFVIFPLNNRIIKTTGFIAKTAWAGAAYNLLLFMLASHVIGASWYLSSIGRQHSCWQQRC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器