Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002711

染色体: Chr06 坐标: 39189633-39191011 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002711
名称SmilChr06G002711
描述WAT1-related protein At3g28050-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向39189633 - 39191011 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989448
GeneID130989448
locus_tag-
NCBI NameLOC130989448
原始查询SmilChr06G002711

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述WAT1-related protein At3g28050-like
产物WAT1-related protein At3g28050-like
ArabidopsisAT3G28050 (UMAMIT41)
nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822429]
identity=49.1; qcov=1.08; evalue=3.69e-44; confidence=medium
RiceOs02g0114100
-
identity=33.3; qcov=0.837; evalue=1.96e-22; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989448

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769443.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057769443.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057769443.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769443.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769443.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:39189765 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 9 A3,B1,B69,B7,B90,B92,C15,C82,C83
Chr6:39189806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,C16,D4
Chr6:39189834 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 16 B11,B114,B117,B134,B138,B41,B73,B76,B89,C25,C27,C30,C31,C56,C70,C9
Chr6:39189849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:39190681 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B74
Chr6:39190681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr6:39190707 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 4 B28,B32,B79,C87
Chr6:39190707 AC A 1bp_deletion CDS_variant 4 B28,B32,B79,C87
Chr6:39190711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C26
Chr6:39190718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr6:39190731 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A23,B47,B85,B91,C24,C32,C5,C74,C84,D7
Chr6:39190755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B47,B62,C34,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913460.1
GACACACATTATGAAAGGATACCCTTCGGGATTGAGCATAATGTTCTTCTACACATCTAGCGTGAGCGTTCTAGCTGCAGTTGTTGGGTTTTTTCTTGAACCCGACTCTACAAAATGGATAATCAAACCTAATATTGCTTTGGTCTCTATCATATGTTCGGGAGTTTTGAACGGTTGCATAAGCAACACGGTTGATTCTTGGCTCTTGCACATGAGGGACCCAGTATATGTGGCAATGTTTAAGCCCATTCAGATCGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989448
ATGAAAGGATACCCTTCGGGATTGAGCATAATGTTCTTCTACACATCTAGCGTGAGCGTTCTAGCTGCAGTTGTTGGGTTTTTTCTTGAACCCGACTCTACAAAATGGATAATCAAACCTAATATTGCTTTGGTCTCTATCATATGTTCGGGAGTTTTGAACGGTTGCATAAGCAACACGGTTGATTCTTGGCTCTTGCACATGAGGGACCCAGTATATGTGGCAATGTTTAAGCCCATTCAGATCGCCATAGCTGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769443.1
MKGYPSGLSIMFFYTSSVSVLAAVVGFFLEPDSTKWIIKPNIALVSIICSGVLNGCISNTVDSWLLHMRDPVYVAMFKPIQIAIAAAMGVIILGDTLYLGSIIGATIIVSGFYTVMWGKAKEELGEFVIENADQNHPFLQNYKIQDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器