当前解析结果
SmilChr06G002717| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002717 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002717 |
| 描述 | RING-H2 finger protein ATL46 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 39249008 - 39251026 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989410 |
|---|---|
| GeneID | 130989410 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989410 |
| 原始查询 | SmilChr06G002717 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | RING-H2 finger protein ATL46 |
| 产物 | RING-H2 finger protein ATL46 |
| Arabidopsis | AT5G40250 (AT5G40250)RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834023] identity=59; qcov=0.98; evalue=1.53e-142; confidence=high |
| Rice | Os02g0743100- identity=52.9; qcov=0.88; evalue=1.84e-104; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989410 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057769387.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057769387.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057769387.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769387.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769387.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:39249760 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:39249900 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr6:39250220 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B97 |
Chr6:39250220 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr6:39250252 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,C49 |
Chr6:39250264 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C80 |
Chr6:39250321 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,B24 |
Chr6:39250401 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr6:39250422 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:39250468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,D1 |
Chr6:39250705 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr6:39250865 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B104,B65 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769387.1PF12678
zf-rbx1 160-205 aa
PF17123
zf-RING_11 162-191 aa
PF13639
zf-RING_2 162-205 aa
PF00097
zf-C3HC4 163-204 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769387.1 |
Pfam | PF12678 |
zf-rbx1 | Domain | 160 | 205 | 1.6e-09 | 38.6 | RING-H2 zinc finger domain |
XP_057769387.1 |
Pfam | PF17123 |
zf-RING_11 | Domain | 162 | 191 | 6.6e-10 | 39.2 | RING-like zinc finger |
XP_057769387.1 |
Pfam | PF13639 |
zf-RING_2 | Domain | 162 | 205 | 1.3e-13 | 51.7 | Ring finger domain |
XP_057769387.1 |
Pfam | PF00097 |
zf-C3HC4 | Domain | 163 | 204 | 0.00022 | 21.7 | Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。