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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002718

染色体: Chr06 坐标: 39258737-39260113 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002718
名称SmilChr06G002718
描述uncharacterized SmilChr06G002718
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向39258737 - 39260113 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990897
GeneID130990897
locus_tag-
NCBI NameLOC130990897
原始查询SmilChr06G002718

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G27260 (AT5G27260)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]
identity=24.6; qcov=0.917; evalue=1.09e-08; confidence=weak
RiceOs04g0590366
-
identity=30.9; qcov=0.516; evalue=3.45e-22; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771108.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771108.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771108.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771108.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771108.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:39259111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C36
Chr6:39259138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr6:39259190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B13,B24,C36,D10
Chr6:39259198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr6:39259218 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 37 A1,A10,A19,A4,A7,B1,B121,B124,B127,B139,B14,B18,B19,B20,B21,B23,B25,B30,B4,B41,B51,B57,B67,B72,B74,B78,B85,B9,C1,C10,C11,C20,C35,C41,C65,C69,C87
Chr6:39259241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B28,B86,C24
Chr6:39259273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C52,C74
Chr6:39259334 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,C36
Chr6:39259337 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C17
Chr6:39259337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr6:39259338 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 4 A16,B7,C17,C30
Chr6:39259338 G GA 1bp_insertion CDS_variant 4 A16,B7,C17,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915125.1
ATGGCAAGCAATTCCGTGCAAGAAGGAAGCAACGACGTCACCAAAGGCAAGGTAAGTAAGCCGGAAAAGACTCGTCGAAGTTGGTCAAGGAAGGAAGAGGAGATACTACTCGCGTCATTGAAGGAACTCGTGGTTAACGGTTGGAAAGCCGACAATGGTTTTAGGGCCGGTTACTTGACTAAGCTTGAGGAGTCAATGCGTAGGGAATTTCCAGATACTGACATCAAAGGCATGCCCCATATCAATTCAAAGATAAGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990897
ATGGCAAGCAATTCCGTGCAAGAAGGAAGCAACGACGTCACCAAAGGCAAGGTAAGTAAGCCGGAAAAGACTCGTCGAAGTTGGTCAAGGAAGGAAGAGGAGATACTACTCGCGTCATTGAAGGAACTCGTGGTTAACGGTTGGAAAGCCGACAATGGTTTTAGGGCCGGTTACTTGACTAAGCTTGAGGAGTCAATGCGTAGGGAATTTCCAGATACTGACATCAAAGGCATGCCCCATATCAATTCAAAGATAAGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771108.1
MASNSVQEGSNDVTKGKVSKPEKTRRSWSRKEEEILLASLKELVVNGWKADNGFRAGYLTKLEESMRREFPDTDIKGMPHINSKISAWKKSYGSLSLMLGNSGAGFNLKGTFMIDCNNDTWEQIVKKDNNALKMRYKSWPMFDDWKDIFGKDRATGEQTEDLMEAIHAMYAADNMAQDGGDTAFNPAEGDAQTEEEDASVCQSGKIRTGAGGSKKKRKTRSEVDVLCAALGEVSKNANDRLESLATRIGYEWDLGQARQA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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