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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002736

染色体: Chr06 坐标: 39620245-39620800 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002736
名称SmilChr06G002736
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 6-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向39620245 - 39620800 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990901
GeneID130990901
locus_tag-
NCBI NameLOC130990901
原始查询SmilChr06G002736

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 6-like
产物CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 6-like
ArabidopsisAT4G30960 (SIP3)
SOS3-interacting protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829221]
identity=46.5; qcov=1.14; evalue=1.09e-38; confidence=medium
RiceOs01g0206700 (OsCIPK05)
-
identity=38.1; qcov=1.17; evalue=1.85e-34; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990901

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771112.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771112.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057771112.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771112.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771112.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:39620301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B97,C14,C20,C37
Chr6:39620308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr6:39620310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B124,B51,C40
Chr6:39620341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,B85,B94
Chr6:39620367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B58,C5
Chr6:39620383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C34,C62
Chr6:39620385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B37,C21,C44
Chr6:39620392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B24,B75,C16,C51
Chr6:39620405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B70,C62
Chr6:39620418 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B48,C57,C82
Chr6:39620437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr6:39620454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915129.1
ATGCTGGATCCTAATCCTTCGAGCAGAATAAGCATCGCGAAAATCATAGATTCGTCATGGTTCAAAAAATCGTCGCTGAAGACGATCAGATCTAAGGAAGAACAGGAGTTCGCGGCGGAGGATGAGGATTCGATTTGTCGCCGCTCTTCGAGGAGAAGAAGAGGCGGAGAAGGAGGAGCTGAGGTTCGCGACGACGACGTCGGGAGCAGCGTGATCTCGAAGCTGGAGGAGGTGGGGAAGACGCGGAACTTCAGCGTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990901
ATGCTGGATCCTAATCCTTCGAGCAGAATAAGCATCGCGAAAATCATAGATTCGTCATGGTTCAAAAAATCGTCGCTGAAGACGATCAGATCTAAGGAAGAACAGGAGTTCGCGGCGGAGGATGAGGATTCGATTTGTCGCCGCTCTTCGAGGAGAAGAAGAGGCGGAGAAGGAGGAGCTGAGGTTCGCGACGACGACGTCGGGAGCAGCGTGATCTCGAAGCTGGAGGAGGTGGGGAAGACGCGGAACTTCAGCGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771112.1
MLDPNPSSRISIAKIIDSSWFKKSSLKTIRSKEEQEFAAEDEDSICRRSSRRRRGGEGGAEVRDDDVGSSVISKLEEVGKTRNFSVKKSESCVRLQGLESGRKGKLGIAADIFSVTPSFVVVEVKKLSGDTLEYNQFCSKELRPALKDIVWTTTAGNFVPTA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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