当前解析结果
SmilChr06G002758| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002758 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002758 |
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 5.8 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 40167694 - 40171631 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989509 |
|---|---|
| GeneID | 130989509 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989509 |
| 原始查询 | SmilChr06G002758 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 5.8 |
| 产物 | protein NRT1/ PTR FAMILY 5.8 |
| Arabidopsis | AT5G14940 (AT5G14940)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831346] identity=56.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0239500- identity=52.8; qcov=1; evalue=1.68e-175; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00854 (PTR2); PF07690 (MFS_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989509 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057769464.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057769464.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057769464.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769464.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769464.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:40167905 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:40168022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr6:40168084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr6:40168196 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:40168197 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr6:40168268 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:40168556 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,B15 |
Chr6:40168580 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,C36 |
Chr6:40168637 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769464.1PF07690
MFS_1 22-477 aa
PF00854
PTR2 82-490 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769464.1 |
Pfam | PF07690 |
MFS_1 | Family | 22 | 477 | 5.3e-09 | 36.2 | Major Facilitator Superfamily |
XP_057769464.1 |
Pfam | PF00854 |
PTR2 | Family | 82 | 490 | 1.1e-74 | 252.4 | POT family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。