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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002764

染色体: Chr06 坐标: 40251578-40255060 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002764
名称SmilChr06G002764
描述uncharacterized SmilChr06G002764
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向40251578 - 40255060 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989516
GeneID130989516
locus_tag-
NCBI NameLOC130989516
原始查询SmilChr06G002764

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc transporter-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815004]; symbol=AT2G04620; hit=AT2G04620; species=arabidopsis; confidence=high
产物zinc transporter-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815004]; symbol=AT2G04620; hit=AT2G04620; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G04620 (AT2G04620)
zinc transporter-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815004]
identity=56.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0422200 (OsMTP12)
-
identity=55.2; qcov=0.246; evalue=5.79e-69; confidence=weak
GOGO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006829 (zinc ion transport); GO:0006882 (intracellular zinc ion homeostasis); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01545 (Cation_efflux)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057769465.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057769465.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769465.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769465.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769465.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:40251779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr6:40251868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,D8
Chr6:40252067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr6:40252229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B69,D11
Chr6:40252594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B21,D1
Chr6:40252721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B69
Chr6:40252732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B78,C79
Chr6:40252998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:40253625 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 34 A10,A5,A8,B105,B127,B128,B133,B135,B140,B25,B49,B55,B79,B80,B87,C11,C24,C27,C28,C31,C48,C54,C57,C6,C60,C69,C73,C78,C8,C83,D3,D5,D8,D9
Chr6:40253627 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 34 A10,A5,A8,B105,B127,B128,B133,B135,B140,B25,B49,B55,B79,B80,B87,C11,C24,C27,C28,C31,C48,C54,C57,C6,C60,C69,C73,C78,C8,C83,D3,D5,D8,D9
Chr6:40253832 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,C71,C72,D3
Chr6:40253954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769465.1
897 aa
N
1
448
897
Cation_efflux
Cation_efflux
C
PF01545 Cation_efflux 432-568 aa PF01545 Cation_efflux 736-807 aa
XP_057769467.1
897 aa
N
1
448
897
Cation_efflux
Cation_efflux
C
PF01545 Cation_efflux 432-568 aa PF01545 Cation_efflux 736-807 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769465.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 432 568 3.1e-45 155.1 Cation efflux transmembrane domain
XP_057769465.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 736 807 3.1e-45 155.1 Cation efflux transmembrane domain
XP_057769467.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 432 568 3.1e-45 155.1 Cation efflux transmembrane domain
XP_057769467.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 736 807 3.1e-45 155.1 Cation efflux transmembrane domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913482.1
AATTTATTTATATATTATAAATTTTTCTTGCCCCTTCACTACGCCCCCTGCCGTCCGGGCCGGGCTTTCTCCAAGAAACCGGTGACTTAAACCCACCCGAGTCCACTCCTCTTAATCGGGCTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACACTTTATCTCACTAAACATGGCCGATCACCACCACCACCACCACCACCGCCCGAATCGCATCGCTCTCCCCACACGAGCATCCAATGCCGCCTCCGCTGCCGCTACTC...
XM_057913484.1
TATATATTATAAATTTTTCTTGCCCCTTCACTACGCCCCCTGCCGTCCGGGCCGGGCTTTCTCCAAGAAACCGGTGACTTAAACCCACCCGAGTCCACTCCTCTTAATCGGGCTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACACTTTATCTCACTAAACATGGCCGATCACCACCACCACCACCACCACCGCCCGAATCGCATCGCTCTCCCCACACGAGCATCCAATGCCGCCTCCGCTGCCGCTACTCCGACCCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989516
ATGGCCGATCACCACCACCACCACCACCACCGCCCGAATCGCATCGCTCTCCCCACACGAGCATCCAATGCCGCCTCCGCTGCCGCTACTCCGACCCCCCGCCCCTCTTACCCGGTCTTCCCTTCCACCCCTGCCGCGACTCCCTCCAAAAACCGCCGCCCCATCTCCCGGCTCTCCGGCGCCTCCGCCGCAACCTCCTCCTTCTCCTTCCTCTTCCTCCTCCTCTTCTCCCTCCGCTCCCTCTACTCCCTTTTCCCATT...
LOC130989516
ATGGCCGATCACCACCACCACCACCACCACCGCCCGAATCGCATCGCTCTCCCCACACGAGCATCCAATGCCGCCTCCGCTGCCGCTACTCCGACCCCCCGCCCCTCTTACCCGGTCTTCCCTTCCACCCCTGCCGCGACTCCCTCCAAAAACCGCCGCCCCATCTCCCGGCTCTCCGGCGCCTCCGCCGCAACCTCCTCCTTCTCCTTCCTCTTCCTCCTCCTCTTCTCCCTCCGCTCCCTCTACTCCCTTTTCCCATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769465.1
MADHHHHHHHRPNRIALPTRASNAASAAATPTPRPSYPVFPSTPAATPSKNRRPISRLSGASAATSSFSFLFLLLFSLRSLYSLFPFLRASPPSFSIFPFSFLVSLLSFILTLSFSLFASVFSGDSHTRKPQRPLLSLTLITQSQHKLLVAKSLLLAVVFLLRFQALRYCGAAALILAELAGNVAARFMAEGKNRIFIGNNSIGSSKFRGFIALLSGLILLSLSWDRIECFPLSHVNIISKGFVAFPNSNCLRIWPMLLP...
XP_057769467.1
MADHHHHHHHRPNRIALPTRASNAASAAATPTPRPSYPVFPSTPAATPSKNRRPISRLSGASAATSSFSFLFLLLFSLRSLYSLFPFLRASPPSFSIFPFSFLVSLLSFILTLSFSLFASVFSGDSHTRKPQRPLLSLTLITQSQHKLLVAKSLLLAVVFLLRFQALRYCGAAALILAELAGNVAARFMAEGKNRIFIGNNSIGSSKFRGFIALLSGLILLSLSWDRIECFPLSHVNIISKGFVAFPNSNCLRIWPMLLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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