Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002792`

染色体: Chr06 坐标: 40616940-40618154 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002792`
名称	SmilChr06G002792
描述	protein ALP1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	40616940 - 40618154 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990915`
GeneID	`130990915`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990915`
原始查询	`SmilChr06G002792`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ALP1-like
产物	protein ALP1-like
Arabidopsis	`AT2G13770` (AT2G13770) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=53.9; qcov=0.354; evalue=2.81e-32; confidence=low
Rice	`Os01g0872900` - identity=55.1; qcov=0.876; evalue=1.59e-141; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF28509 (DUF8418)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990915

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771126.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057771126.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771126.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771126.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057771126.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:40616944`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,C39,D2
`Chr6:40616951`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B95,C23,C43,C59
`Chr6:40616963`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B118,B22
`Chr6:40616968`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	A10,B38,B72,C52,D3
`Chr6:40616968`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B38,B72,C52,D3
`Chr6:40616991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B47,D10
`Chr6:40616998`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B137,B29,B6,B66,C26
`Chr6:40617001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr6:40617006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,C62
`Chr6:40617035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr6:40617037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B109,C13,C86
`Chr6:40617047`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B40,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771126.1

404 aa

202

404

DUF8418

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF28509 DUF8418 30-69 aa PF04827 Plant_tran 137-338 aa PF13359 DDE_Tnp_4 189-331 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771126.1`	Pfam	`PF28509`	DUF8418	Domain	30	69	2e-19	69.7	Domain of unknown function (DUF8418)
`XP_057771126.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	137	338	1.2e-90	303.4	Plant transposon protein
`XP_057771126.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	189	331	1.9e-09	38.0	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915143.1
ATGACAGTGGCAAGTTCATATCGTTTCGATCCACCTCCACCACGCCCGAGGAAGAAGCGGACAGTGGTTCGTCGTGACCGTGAAGGTGGAGCCGAGCGCCTCCATCGCGATTATTTTTCTGTCGAGCCTGTTTATGGGCCACAATTCTTTCGCCGTCGATTTCGCATGAGCCGGGAGTTGTTTCTACGCATTGTCAATGCGCTAGAAGTCGATCCTTACTTCCAACAACGTCCGGATGCTATTGGCCGCTTAAGCTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990915
ATGACAGTGGCAAGTTCATATCGTTTCGATCCACCTCCACCACGCCCGAGGAAGAAGCGGACAGTGGTTCGTCGTGACCGTGAAGGTGGAGCCGAGCGCCTCCATCGCGATTATTTTTCTGTCGAGCCTGTTTATGGGCCACAATTCTTTCGCCGTCGATTTCGCATGAGCCGGGAGTTGTTTCTACGCATTGTCAATGCGCTAGAAGTCGATCCTTACTTCCAACAACGTCCGGATGCTATTGGCCGCTTAAGCTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771126.1
MTVASSYRFDPPPPRPRKKRTVVRRDREGGAERLHRDYFSVEPVYGPQFFRRRFRMSRELFLRIVNALEVDPYFQQRPDAIGRLSFSPIQKCTAAVRQLAYRTAADCCDEYLRIGETTALECLKKFCKAIVRIFGGTYLRRPTTADVQRITATHEARHGFPGMLGSLDCMHWGWKNCPVAWHGAYTRGDQGEPTIILEAVVSQDLWIWHAFFGVAGSNNDINMLHQSTLFNDVLAGHEAAVHFLANNSHHTRGYYLTDGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器