Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002796`

染色体: Chr06 坐标: 40658119-40669529 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002796`
名称	SmilChr06G002796
描述	amino acid transporter AVT1I-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	40658119 - 40669529 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989540`
GeneID	`130989540`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989540`
原始查询	`SmilChr06G002796`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	amino acid transporter AVT1I-like
产物	amino acid transporter AVT1I-like
Arabidopsis	`AT5G15240` (AT5G15240) Transmembrane amino acid transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831376] identity=57.5; qcov=0.988; evalue=1.4e-167; confidence=high
Rice	`Os04g0460300` (OsATL13) - identity=56.1; qcov=0.937; evalue=1.7e-155; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	smil04082 (Neuroactive ligand signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01490 (Aa_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057769501.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057769501.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057769501.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769501.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769501.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:40665711`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B58
`Chr6:40668258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,C5
`Chr6:40668315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr6:40668329`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B23,B58
`Chr6:40668474`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,B45,B85,C58
`Chr6:40668498`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr6:40668627`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr6:40668708`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr6:40668861`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr6:40669055`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:40669104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:40669108`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769501.1

428 aa

214

428

Aa_trans

PF01490 Aa_trans 39-417 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769501.1`	Pfam	`PF01490`	Aa_trans	Domain	39	417	7.7e-68	229.7	Transmembrane amino acid transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913518.1
TATAAAAGAAGTATAATTAATTTAATTCTTTTTCATACATTTTCGAGTTCGATTGACAAAATTCAAAAATTTAGGATTAGAATGAAAAAACTCTAAGTCGAAAACATTTCGACATCCTTAAATAATTTGTAATCGAATCCCTCGTAACCTGATAGGACTGACCCGAAACTCGATGAATTAGCCTATTAGACATTCCTACGTCGGATACATAAATATTGTGATAGGTGGTCGATAAGACCATTTTAAAATCATCTAAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989540
ATGAAACCTGCTGAAGACGGCGGCGACCTCTCGATCGGAATACCGTTTCTGGGCGGCAATGGCGATAATAAAGAGGCTGAATATCAACTCCGCCGCCGCCACTCTGTTTCGGGCTCGACTTCTTTCTTCAAAACCTGCTTCAACGGCCTCAATGCTCTATCAGGGGTAGGAATATTATCAGTTCCTTATGCACTATCATCCGGCGGGTGGTGGAGCTTAACACTGCTCTTCCTCATCGCCGGCTGCACTTACTACACATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769501.1
MKPAEDGGDLSIGIPFLGGNGDNKEAEYQLRRRHSVSGSTSFFKTCFNGLNALSGVGILSVPYALSSGGWWSLTLLFLIAGCTYYTSLLIQRCMDSDTNIRSYPDIGERAFGAKGRMIVSVAMNVELYLVATGFLILEGDNLHNLVPGLGGGGDFITGKQAFTLIVGLVVLPTVWVDNMAILSYISATGVVASFVLIASILWSAVFDGIGFHQQGTLLNTRGIPTAVSLYAFCYCAHPVFPTLYTSMRDQKKFSKVLLVC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器