当前解析结果
SmilChr06G002848| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002848 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002848 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002848 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 41245465 - 41247626 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130989593 |
|---|---|
| GeneID | 130989593 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989593 |
| 原始查询 | SmilChr06G002848 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | AT5G39530; symbol=AT5G39530; hit=AT5G39530; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | AT5G39530; symbol=AT5G39530; hit=AT5G39530; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G39530 (AT5G39530)- identity=58.2; qcov=0.988; evalue=4.42e-96; confidence=high |
| Rice | Os03g0168300- identity=46.3; qcov=0.769; evalue=5.97e-62; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09366 (DUF1997) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989593 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057769558.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057769558.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.20000 | XP_057769558.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769558.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769558.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:41246877 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr6:41246895 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr6:41246912 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B30,C15 |
Chr6:41247140 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,C49 |
Chr6:41247272 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr6:41247488 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769558.1PF09366
DUF1997 72-238 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769558.1 |
Pfam | PF09366 |
DUF1997 | Family | 72 | 238 | 1.8e-44 | 152.3 | Protein of unknown function (DUF1997) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。