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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002850

染色体: Chr06 坐标: 41253278-41255462 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002850
名称SmilChr06G002850
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15340, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41253278 - 41255462 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989597
GeneID130989597
locus_tag-
NCBI NameLOC130989597
原始查询SmilChr06G002850

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15340, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15340%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G15340 (AT5G15340)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831386]
identity=56; qcov=0.981; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0705350
-
identity=37.3; qcov=0.995; evalue=1.09e-136; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF14432 (DYW_deaminase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989597

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769566.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769566.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769566.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769566.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769566.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41253642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C49
Chr6:41253861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C11,C49
Chr6:41253897 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B40
Chr6:41253951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B139,C18
Chr6:41253993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C62,C82
Chr6:41254009 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr6:41254010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:41254060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr6:41254155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C49
Chr6:41254173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:41254260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B21,B65,C49
Chr6:41254271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769566.1
630 aa
N
1
315
630
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 55-77 aa PF01535 PPR 87-115 aa PF01535 PPR 158-184 aa PF01535 PPR 186-215 aa PF01535 PPR 218-243 aa PF01535 PPR 294-321 aa PF13041 PPR_2 319-366 aa PF01535 PPR 322-349 aa PF01535 PPR 356-380 aa PF01535 PPR 394-418 aa PF14432 DYW_deaminase 534-630 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769566.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 55 77 1.8e-45 150.7 PPR repeat
XP_057769566.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 87 115 1.8e-45 150.7 PPR repeat
XP_057769566.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 158 184 1.8e-45 150.7 PPR repeat
XP_057769566.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 186 215 1.8e-45 150.7 PPR repeat
XP_057769566.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 218 243 1.8e-45 150.7 PPR repeat
XP_057769566.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 294 321 1.8e-45 150.7 PPR repeat
XP_057769566.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 319 366 2.5e-40 137.1 PPR repeat family
XP_057769566.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 322 349 1.8e-45 150.7 PPR repeat
XP_057769566.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 356 380 1.8e-45 150.7 PPR repeat
XP_057769566.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 394 418 1.8e-45 150.7 PPR repeat
XP_057769566.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 534 630 3e-34 117.4 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913583.1
TTGTCACAAAATTTAATCATCAATAGTATTATTTTCATCTTTGTATGACTGCTACAAATAGAATACATAATCGAACTTAAAATAATTAGTTAGGCACTCAATGACAAGCGGTAAGATTAAGACGTGACAACCAATTTCACTCTTTCTTCATCACAAATTTGCAGTAAATTTTTTCATATTTTTCATTTTCTGATGAGATGGCCAATTCCGCCCACCACCGCCTCTGCACTGGCTCGCCATTGCAGGGGCCTCATAAGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989597
ATGAGATGGCCAATTCCGCCCACCACCGCCTCTGCACTGGCTCGCCATTGCAGGGGCCTCATAAGATCATGCGCTCAACGCTCAGATATTGCTGGCGGCCACAAGCTGCACGCCGCCGCCGTCACTACGGGCCTCCTCACCCTCCCCCAACTATTCGTCGGCAACGTCGTCATGCAAATGTACGCTGCCTCTGGAGATTTATCGTCTGCACGCAAGGTGTTCGACGAAATTCCTCTGACGTTTAAAGACGCCGTAGACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769566.1
MRWPIPPTTASALARHCRGLIRSCAQRSDIAGGHKLHAAAVTTGLLTLPQLFVGNVVMQMYAASGDLSSARKVFDEIPLTFKDAVDWTTLIECCSHGGAALDALTLFVAMRRQGVRIDDIAMVSLFGTCTKVGNSVFGIQGHACMMKMGLDFSVKARNAAMDMYVKCGLMDDARKMFDETPERNVVSWTVLLWGVTKWEGLEKGKKLFDEMPERNEIAWTIMIARHVENGLIREAFDLLAEMVFSYGLRLDSSSSLCSIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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