Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002852

染色体: Chr06 坐标: 41283889-41290921 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002852
名称SmilChr06G002852
描述CSC1-like protein HYP1
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41283889 - 41290921 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989596
GeneID130989596
locus_tag-
NCBI NameLOC130989596
原始查询SmilChr06G002852

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CSC1-like protein HYP1
产物CSC1-like protein HYP1
ArabidopsisAT3G01100 (HYP1)
-
identity=58.7; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0582800 (OsOSCA2.4)
-
identity=53.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005227 (calcium-activated cation channel activity); GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
PfamPF02714 (RSN1_7TM); PF13967 (RSN1_TM); PF14703 (PHM7_cyt)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057769562.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057769565.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057769562.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769562.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769562.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41284791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr6:41288488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C8
Chr6:41288784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B67,C63
Chr6:41289880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769562.1
715 aa
N
1
358
715
RSN1_TM
PHM7_cyt
RSN1_7TM
C
PF13967 RSN1_TM 5-167 aa PF14703 PHM7_cyt 188-343 aa PF02714 RSN1_7TM 357-622 aa
XP_057769563.1
715 aa
N
1
358
715
RSN1_TM
PHM7_cyt
RSN1_7TM
C
PF13967 RSN1_TM 5-167 aa PF14703 PHM7_cyt 188-343 aa PF02714 RSN1_7TM 357-622 aa
XP_057769564.1
715 aa
N
1
358
715
RSN1_TM
PHM7_cyt
RSN1_7TM
C
PF13967 RSN1_TM 5-167 aa PF14703 PHM7_cyt 188-343 aa PF02714 RSN1_7TM 357-622 aa
XP_057769565.1
601 aa
N
1
300
601
RSN1_TM
PHM7_cyt
RSN1_7TM
C
PF13967 RSN1_TM 15-53 aa PF14703 PHM7_cyt 74-229 aa PF02714 RSN1_7TM 243-508 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769562.1 Pfam PF13967 RSN1_TM Family 5 167 1e-38 133.2 Late exocytosis, associated with Golgi transport
XP_057769562.1 Pfam PF14703 PHM7_cyt Domain 188 343 1.2e-31 111.0 Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
XP_057769562.1 Pfam PF02714 RSN1_7TM Family 357 622 2.9e-64 217.8 Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate
XP_057769563.1 Pfam PF13967 RSN1_TM Family 5 167 1e-38 133.2 Late exocytosis, associated with Golgi transport
XP_057769563.1 Pfam PF14703 PHM7_cyt Domain 188 343 1.2e-31 111.0 Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
XP_057769563.1 Pfam PF02714 RSN1_7TM Family 357 622 2.9e-64 217.8 Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate
XP_057769564.1 Pfam PF13967 RSN1_TM Family 5 167 1e-38 133.2 Late exocytosis, associated with Golgi transport
XP_057769564.1 Pfam PF14703 PHM7_cyt Domain 188 343 1.2e-31 111.0 Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
XP_057769564.1 Pfam PF02714 RSN1_7TM Family 357 622 2.9e-64 217.8 Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate
XP_057769565.1 Pfam PF13967 RSN1_TM Family 15 53 1.6e-09 38.3 Late exocytosis, associated with Golgi transport
XP_057769565.1 Pfam PF14703 PHM7_cyt Domain 74 229 8.5e-32 111.5 Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter
XP_057769565.1 Pfam PF02714 RSN1_7TM Family 243 508 2.4e-64 218.1 Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913579.1
CTATGATTAGATATAGTCATCAAATCGTCAGGCGTCACTATCACGTCATGCTTTTTTTTCTTTTCTTCTATTTTTGCCTCTTTTCTTATATTGGTTTTAGCTTAAAATGAAGCTCTATGACAGTTAACAAAACAGAAACTGAAACCAGCGAAAGTATACTTAACTTTTCCTGCTTCAAACTTCGATTTCTCTGCACAAAAAGCTACAGGCATTTTGCTGCTTTTTGCGCTTATCTGATTAAGATCTGCGTGCTTGAAGCT...
XM_057913580.1
TTTTTCTTTTCTTCTATTTTTGCCTCTTTTCTTATATTGGTTTTAGCTTAAAATGAAGCTCTATGACAGTTAACAAAACAGAAACTGAAACCAGCGAAAGTATACTTAACTTTTCCTGCTTCAAACTTCGATTTCTCTGCACAAAAAGGCATTTTGCTGCTTTTTGCGCTTATCTGATTAAGATCTGCGTGCTTGAAGCTGAAAATAGAGTTTCAAATGGGATTTTGAGCTGGCGGTTGCAGCTGTGGAGGATAAAAGGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130989596
ATGATTCTTTCTGCACTTGTAACTTCAGTGGGGATAAACACATCGCTGTGTTTCCTTTTTCTCATCCTCTACACTATACTGAGAAACCGGCCAAGTAATGCTGAACTCTATTTACCGCGCTTGGTTGCTGAAGGGAAAATTCAAGAGGACAATGCATTTGGCGTGAGAAAGTTATTAACTTCTTTCAGTTGGGTGAAAAGAGCATGGGAGGCTACTGAAGCCGAGCTTTTAGAAAATTCTGGATTGGATGCTGTGGTGTT...
LOC130989596
ATGATTCTTTCTGCACTTGTAACTTCAGTGGGGATAAACACATCGCTGTGTTTCCTTTTTCTCATCCTCTACACTATACTGAGAAACCGGCCAAGTAATGCTGAACTCTATTTACCGCGCTTGGTTGCTGAAGGGAAAATTCAAGAGGACAATGCATTTGGCGTGAGAAAGTTATTAACTTCTTTCAGTTGGGTGAAAAGAGCATGGGAGGCTACTGAAGCCGAGCTTTTAGAAAATTCTGGATTGGATGCTGTGGTGTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057769562.1
MILSALVTSVGINTSLCFLFLILYTILRNRPSNAELYLPRLVAEGKIQEDNAFGVRKLLTSFSWVKRAWEATEAELLENSGLDAVVFMRIFVFGLRVFQFATIIGIFILLPFNYMGNQLNIDFTDLPNKSLDTFSISNVNDGSNRLWIHFSAVYIFTAVVCYLLYSEYDYISALRISYFYSSKPRPSQFTVLVRSIPVTSGKSFSDSVESFFSECYPSTYLSHSVIHRADRLKRIINKADKVYKGLVQPKSEDSTKKISK...
XP_057769563.1
MILSALVTSVGINTSLCFLFLILYTILRNRPSNAELYLPRLVAEGKIQEDNAFGVRKLLTSFSWVKRAWEATEAELLENSGLDAVVFMRIFVFGLRVFQFATIIGIFILLPFNYMGNQLNIDFTDLPNKSLDTFSISNVNDGSNRLWIHFSAVYIFTAVVCYLLYSEYDYISALRISYFYSSKPRPSQFTVLVRSIPVTSGKSFSDSVESFFSECYPSTYLSHSVIHRADRLKRIINKADKVYKGLVQPKSEDSTKKISK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器