Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002859`

染色体: Chr06 坐标: 41394301-41397850 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002859`
名称	SmilChr06G002859
描述	probable WRKY transcription factor 4
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	41394301 - 41397850 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989604`
GeneID	`130989604`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989604`
原始查询	`SmilChr06G002859`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable WRKY transcription factor 4
产物	probable WRKY transcription factor 4
Arabidopsis	`AT1G13960` (WRKY4) WRKY DNA-binding protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837956] identity=43.9; qcov=1; evalue=2.04e-121; confidence=medium
Rice	`Os12g0507300` (OsWRKY96) - identity=46.2; qcov=0.793; evalue=1.38e-95; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03106 (WRKY)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989604

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057769600.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769600.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769600.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769600.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057769600.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:41394613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr6:41394649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:41394677`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr6:41394701`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr6:41394704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B98,C21
`Chr6:41395614`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B23,B47,B58,C35
`Chr6:41395622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr6:41395814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:41396039`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:41396120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr6:41396132`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr6:41396133`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769600.1

483 aa

242

483

WRKY

PF03106 WRKY 234-288 aa PF03106 WRKY 377-434 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769600.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	234	288	3.7e-51	171.9	WRKY DNA -binding domain
`XP_057769600.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	377	434	3.7e-51	171.9	WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913617.1
AGAAATGAATATGAAAAAATGATAATCGGGGAGTATAATTGGAAAATAAAGTATGATGAAGTAAACGATAAAAGAGTCTCGAGCAGTCCAGCTATATTCCTTTCACGTTGAAAATAAATGCCCACTCTCCACTAGATAAGACGAGAGCCCAGAGGAGAGAGCAACTTGCAGATATGACTCATAACCATTTTCGAGCCTTTGTAATAAACTATGGAAAGTGCTTGTCTGTGTGCATATATATAAATCTCTGATTCTGAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989604
ATGGGCGAGACGAGTGTCGAAGATGCAGCGGCAGCCAAGCCCAAGCCAACAATCGTGGTGCCGCCACGCGGCTCCATGGTGGAGTCCCTATTCACCAGCGGGCTGGGCGCTATGGGCTTCAGCCCGGGCCCGATGACCTTGGTCTCCAGCTTCTTCTCCGATCAGGGCCCCTTTTCTTTCTCTCAGCTCTTGGCCGGCGCCATTGCTTCCCCCAAGCTCCGCGATTACGCCAATGAAGAGAGCTGGGGCGATTCCTCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769600.1
MGETSVEDAAAAKPKPTIVVPPRGSMVESLFTSGLGAMGFSPGPMTLVSSFFSDQGPFSFSQLLAGAIASPKLRDYANEESWGDSSENCKTSDDAGFKRNRPMTLVVAPPESLSPPFMLPPGLTPSGLLNSPGFLSPLQSPFGMSHQQALAHVTAQAAFSQSYMQMHAELQRSPADTSTEALVSHSSPSPSETLTEQINSEPRQLESSKIESSEVSQSDKKAAYVTTGDKPASDGYNWRKYGQKHVKASECPRSYYKCTY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器