当前解析结果
SmilChr06G002861| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002861 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002861 |
| 描述 | early nodulin-like protein 19 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 41452298 - 41453632 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989606 |
|---|---|
| GeneID | 130989606 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989606 |
| 原始查询 | SmilChr06G002861 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 19 |
| 产物 | early nodulin-like protein 19 |
| Arabidopsis | AT2G27035 (ENODL20)early nodulin-like protein 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745563] identity=40.7; qcov=0.819; evalue=7.96e-33; confidence=medium |
| Rice | Os07g0112700 (OsENODL19)- identity=40.2; qcov=0.548; evalue=7.86e-21; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989606 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057769602.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769602.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769602.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769602.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769602.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:41452586 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C22 |
Chr6:41452586 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr6:41452587 |
A |
AGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C22 |
Chr6:41452587 |
A |
AGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr6:41452643 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A18 |
Chr6:41452685 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 99 | A1,A13,A2,A21,A22,A5,A7,A8,A9,B1,B106,B108,B111,B118,B121,B122,B124,B125,B128,B129,B13,B131,B135,B136,B137,B139,B140,B17,B18,B19,B24,B25,B26,B28,B31,B36,B38,B39,B42,B43,B48,B5,B52,B54,B55,B6,B65,B67,B69,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B85,B86,B9,B90,B95,C10,C11,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C27,C28,C3,C31,C33,C38,C45,C46,C50,C52,C56,C61,C62,C67,C69,C7,C71,C72,C74,C78,C79,C83,C87,D1,D2,D4,D5,D6 |
Chr6:41452689 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr6:41452782 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr6:41452810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B3,B70,C62 |
Chr6:41452838 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr6:41452888 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B89 |
Chr6:41453430 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B119 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769602.1PF02298
Cu_bind_like 38-123 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769602.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 38 | 123 | 4.4e-16 | 59.4 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。