Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002864`

染色体: Chr06 坐标: 41467329-41469135 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002864`
名称	SmilChr06G002864
描述	uncharacterized SmilChr06G002864
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	41467329 - 41469135 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989608`
GeneID	`130989608`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989608`
原始查询	`SmilChr06G002864`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989608

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057769607.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057769607.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057769607.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769607.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769607.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:41468093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B22,B43,C44
`Chr6:41468149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B137,B49,C25,C69
`Chr6:41468165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr6:41468172`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	70	A10,A11,A13,A16,A18,A20,A23,A24,A3,A5,A9,B1,B100,B106,B117,B127,B128,B131,B134,B135,B14,B15,B2,B26,B35,B45,B53,B54,B59,B61,B7,B71,B75,B76,B79,B86,B89,B93,B97,C10,C18,C19,C20,C28,C3,C32,C33,C46,C49,C5,C53,C57,C59,C61,C63,C64,C7,C70,C73,C74,C75,C78,C82,C83,C85,C86,C9,D3,D7,D9
`Chr6:41468173`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	109	A1,A10,A13,A16,A18,A20,A23,A24,A3,A5,A6,A7,A9,B1,B100,B106,B107,B112,B114,B117,B121,B124,B127,B128,B131,B134,B135,B137,B14,B15,B17,B2,B24,B25,B26,B28,B29,B3,B35,B45,B47,B48,B52,B53,B54,B56,B57,B59,B61,B7,B71,B75,B76,B79,B86,B88,B89,B93,B95,B96,B97,B99,C18,C19,C20,C23,C24,C25,C28,C3,C31,C32,C33,C35,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C52,C53,C56,C57,C59,C61,C62,C63,C64,C7,C70,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D3,D6,D7,D9
`Chr6:41468178`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B88,C75
`Chr6:41468185`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C26
`Chr6:41468185`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C26
`Chr6:41468187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr6:41468214`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	17	A14,A18,A21,B2,B28,B46,B55,B70,B78,B81,B82,C23,C62,C68,C87,D11,D4
`Chr6:41468238`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	30	A1,A6,B124,B133,B137,B17,B24,B25,B28,B29,B3,B47,B48,B52,B56,B57,B79,B95,B99,C24,C25,C31,C35,C40,C50,C52,C62,C65,C84,D6
`Chr6:41468406`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B134,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913624.1
GTATTGCTTATTGAGGCCCATATTATATTATATATGTTGTCCGATCCCCTTAAAAAACAAATAAACCTAGAAGAAGAAATTAGGGCTTTGAAGAAAAGGGAGGAGAGATGGAGGCGATTCTAATTGTCGGAGGGTCCGAAGATGGGTTCGGAGCGGATGATGGGAAGCCTAACTTGTGGTTAGAATTCCATAAGGTGGATCTGAAACAAGGAGGAAAAGTTGAGAAGAATTGCTATCCGAAGCTGCGTTCTTGGGGGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989608
ATGGAGGCGATTCTAATTGTCGGAGGGTCCGAAGATGGGTTCGGAGCGGATGATGGGAAGCCTAACTTGTGGTTAGAATTCCATAAGGTGGATCTGAAACAAGGAGGAAAAGTTGAGAAGAATTGCTATCCGAAGCTGCGTTCTTGGGGGATGGTAGGTACCATGTTTTTGGTCAAGTCCAAGCTGTGCTTGGCAGGATGTACGGCCAAAGCTGATCAAGCGGAGGAATACGCCTGTTTTTTGGATTTGGATTCAGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769607.1
MEAILIVGGSEDGFGADDGKPNLWLEFHKVDLKQGGKVEKNCYPKLRSWGMVGTMFLVKSKLCLAGCTAKADQAEEYACFLDLDSDSNSYSDSEWKHLPLPVGCLAFGTLDGKIYGHNHFDRYAEDENLGSDWFEIIRDPLPEEEEGEHVMIPDPPNNRILFYTTSGKMYAYYPTHCESRLRLVAADVSPWSPLVVIVANIAYIAVGSNYPWMLYAYDLSNGKYLKCVWTSTEVDGVDFFDFLCDVRGLFHLPNTNNFWL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器