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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002865

染色体: Chr06 坐标: 41474897-41475938 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002865
名称SmilChr06G002865
描述early nodulin-like protein 19
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41474897 - 41475938 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989609
GeneID130989609
locus_tag-
NCBI NameLOC130989609
原始查询SmilChr06G002865

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 19
产物early nodulin-like protein 19
ArabidopsisAT5G15350 (ENODL17)
early nodulin-like protein 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831387]
identity=43.9; qcov=0.751; evalue=3.19e-36; confidence=medium
RiceOs07g0112700 (OsENODL19)
-
identity=41.9; qcov=0.538; evalue=2.57e-22; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG-
PfamPF02298 (Cu_bind_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989609

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769608.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769608.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769608.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769608.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769608.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41475263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr6:41475268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B47,C60
Chr6:41475302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C47,C7
Chr6:41475306 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 4 A18,B100,B63,B83
Chr6:41475306 G GC 1bp_insertion CDS_variant 4 A18,B100,B63,B83
Chr6:41475307 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 4 A18,B100,B63,B83
Chr6:41475307 G GC 1bp_insertion CDS_variant 4 A18,B100,B63,B83
Chr6:41475342 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 14 B101,B103,B126,B30,B34,B45,B78,B91,C2,C25,C32,C41,C5,C68
Chr6:41475358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B75,C33,C36,C46
Chr6:41475519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B127,B61,C12,C14
Chr6:41475735 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B100,B63,B83
Chr6:41475735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B63,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769608.1
173 aa
N
1
86
173
Cu_bind_like
C
PF02298 Cu_bind_like 38-119 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769608.1 Pfam PF02298 Cu_bind_like Domain 38 119 1.5e-18 67.3 Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913625.1
ACACTCTCATCACACATCTATAAATCAAGAAATGCATGATCACGGCGGCGGCATTCGGTGTTTCCCCGCGGCGGCGGTGTTGGCGGCCGCGATGCTAACATGCGCGGCCGGCGATCTCATCAAGGTCGGCGACAAGGCCGGCTGGACGCCCGACGTGAACTACACTCATTGGGCCGCTCATCGCCACTTCTTCGTCGGAGACTGGCTCTATTTTGTGTTTGATAAGCGGTACTACAACGTGTTGGAGGTGAAGAAAGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989609
ATGCATGATCACGGCGGCGGCATTCGGTGTTTCCCCGCGGCGGCGGTGTTGGCGGCCGCGATGCTAACATGCGCGGCCGGCGATCTCATCAAGGTCGGCGACAAGGCCGGCTGGACGCCCGACGTGAACTACACTCATTGGGCCGCTCATCGCCACTTCTTCGTCGGAGACTGGCTCTATTTTGTGTTTGATAAGCGGTACTACAACGTGTTGGAGGTGAAGAAAGCAAATTACGAGCGGTGCGACGACGGCGAGTTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769608.1
MHDHGGGIRCFPAAAVLAAAMLTCAAGDLIKVGDKAGWTPDVNYTHWAAHRHFFVGDWLYFVFDKRYYNVLEVKKANYERCDDGEFMKNVTRGGRDVYNLTEARSYYFLSSGGYCFHGMKLSIHVRRSPPPPPPSPSPDVKSAKGGASPESGRDRAAALFMAVLISIFILRLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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