当前解析结果
SmilChr06G002865| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002865 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002865 |
| 描述 | early nodulin-like protein 19 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 41474897 - 41475938 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989609 |
|---|---|
| GeneID | 130989609 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989609 |
| 原始查询 | SmilChr06G002865 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 19 |
| 产物 | early nodulin-like protein 19 |
| Arabidopsis | AT5G15350 (ENODL17)early nodulin-like protein 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831387] identity=43.9; qcov=0.751; evalue=3.19e-36; confidence=medium |
| Rice | Os07g0112700 (OsENODL19)- identity=41.9; qcov=0.538; evalue=2.57e-22; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989609 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057769608.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769608.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769608.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769608.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769608.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:41475263 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr6:41475268 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B110,B47,C60 |
Chr6:41475302 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B50,C47,C7 |
Chr6:41475306 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | A18,B100,B63,B83 |
Chr6:41475306 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | A18,B100,B63,B83 |
Chr6:41475307 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | A18,B100,B63,B83 |
Chr6:41475307 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | A18,B100,B63,B83 |
Chr6:41475342 |
CGG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 14 | B101,B103,B126,B30,B34,B45,B78,B91,C2,C25,C32,C41,C5,C68 |
Chr6:41475358 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B75,C33,C36,C46 |
Chr6:41475519 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B127,B61,C12,C14 |
Chr6:41475735 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B100,B63,B83 |
Chr6:41475735 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B63,B83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769608.1PF02298
Cu_bind_like 38-119 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769608.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 38 | 119 | 1.5e-18 | 67.3 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。