当前解析结果
SmilChr06G002873| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002873 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002873 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002873 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 41556006 - 41557967 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990971 |
|---|---|
| GeneID | 130990971 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990971 |
| 原始查询 | SmilChr06G002873 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G05360 (AT4G05360)Zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825884] identity=25.6; qcov=0.461; evalue=3.69e-17; confidence=low |
| Rice | Os08g0125300- identity=25; qcov=0.386; evalue=3.36e-17; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990971 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057771161.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057771161.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771161.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771161.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771161.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:41556051 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B72,C84 |
Chr6:41556056 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 55 | A1,A14,A5,A7,B107,B109,B114,B117,B125,B130,B131,B135,B139,B19,B20,B27,B33,B37,B40,B43,B55,B57,B58,B59,B60,B61,B62,B65,B68,B73,B80,B9,C1,C11,C15,C16,C17,C21,C28,C3,C4,C50,C52,C60,C61,C65,C69,C70,C76,C77,C79,C87,D3,D6,D7 |
Chr6:41556057 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr6:41556063 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,B70 |
Chr6:41556070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B117,B136,B35 |
Chr6:41556078 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A10 |
Chr6:41556105 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr6:41556114 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B139,B69 |
Chr6:41556114 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B139,B69 |
Chr6:41556122 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr6:41556124 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B136,C48 |
Chr6:41556125 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C18,C73 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771161.1PF14223
Retrotran_gag_2 2-128 aa
PF22936
Pol_BBD 520-592 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771161.1 |
Pfam | PF14223 |
Retrotran_gag_2 | Domain | 2 | 128 | 1.1e-19 | 71.6 | gag-polypeptide of LTR copia-type |
XP_057771161.1 |
Pfam | PF22936 |
Pol_BBD | Domain | 520 | 592 | 4.9e-17 | 62.7 | Pol polyprotein, beta-barrel domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。