Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002882

染色体: Chr06 坐标: 41630437-41631942 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002882
名称SmilChr06G002882
描述UDP-glycosyltransferase 13-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41630437 - 41631942 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989635
GeneID130989635
locus_tag-
NCBI NameLOC130989635
原始查询SmilChr06G002882

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 13-like
产物UDP-glycosyltransferase 13-like
ArabidopsisAT4G15280 (UGT71B5)
UDP-glucosyl transferase 71B5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827194]
identity=30.6; qcov=1.08; evalue=1.21e-52; confidence=low
RiceOs06g0289200 (UGT)
-
identity=44.8; qcov=1.03; evalue=7.87e-115; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989635

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057769646.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057769646.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769646.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769646.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769646.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41630549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:41630640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B4,C20
Chr6:41630657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr6:41630706 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 16 A10,A5,A9,B115,B4,B49,C19,C26,C27,C31,C36,C43,C44,C65,C78,D5
Chr6:41630709 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B117
Chr6:41630709 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B117
Chr6:41630773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr6:41630832 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B117,B130,C6
Chr6:41630969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B14,B3,B70
Chr6:41631077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B91
Chr6:41631115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B3,C62
Chr6:41631125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769646.1
443 aa
N
1
222
443
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 249-377 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769646.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 249 377 9.7e-18 65.0 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913663.1
AAATGAAAATTGAAGGTAATTAAACGCTCTGTTTTATAGAGTAGTCTCACATTTATCATCCATAAACAATACCAAGCATGAATGAAGCATCCCATGTCGCCCTCTTCCCCTGCGCCGGAATGGGCCACCTCATCCCATTCCTCCGCCTCGCCGCCGACCTCCACTCTCGCGGCGCTGCCGCCACCATCATCACCGCCGAGCCTACCGTCAGCGCCGCAGAATCCGACTACCTCTCCAACTTCTTCGCCACATTCCCGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989635
ATGAATGAAGCATCCCATGTCGCCCTCTTCCCCTGCGCCGGAATGGGCCACCTCATCCCATTCCTCCGCCTCGCCGCCGACCTCCACTCTCGCGGCGCTGCCGCCACCATCATCACCGCCGAGCCTACCGTCAGCGCCGCAGAATCCGACTACCTCTCCAACTTCTTCGCCACATTCCCGCGCATCAAACGCCTCCAACTCCACCTCCTCCCTCACAAGAAATCCCAGCTCACCAACGACGACCCTTTCTTCATCCAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769646.1
MNEASHVALFPCAGMGHLIPFLRLAADLHSRGAAATIITAEPTVSAAESDYLSNFFATFPRIKRLQLHLLPHKKSQLTNDDPFFIQMERIADSVHLLQPLLSSLSPPLSAAVVDLPVLSRVLRLASLPIYPLITTSARFFSLMASLSHLPPHENDRLEIPNLGSIPVSSIPPPMLDPNHYFAAMITTNTAALREARGVLINTFASLEPEAVEALRRNGVDHILPIGPLPPFKRSETVIVLPWLDEQAPESVVYISFGNRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器