当前解析结果
SmilChr06G002882| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002882 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002882 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 13-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 41630437 - 41631942 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989635 |
|---|---|
| GeneID | 130989635 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989635 |
| 原始查询 | SmilChr06G002882 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 13-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 13-like |
| Arabidopsis | AT4G15280 (UGT71B5)UDP-glucosyl transferase 71B5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827194] identity=30.6; qcov=1.08; evalue=1.21e-52; confidence=low |
| Rice | Os06g0289200 (UGT)- identity=44.8; qcov=1.03; evalue=7.87e-115; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989635 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057769646.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057769646.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057769646.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057769646.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769646.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:41630549 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:41630640 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B133,B4,C20 |
Chr6:41630657 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr6:41630706 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 16 | A10,A5,A9,B115,B4,B49,C19,C26,C27,C31,C36,C43,C44,C65,C78,D5 |
Chr6:41630709 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B117 |
Chr6:41630709 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr6:41630773 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr6:41630832 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,B117,B130,C6 |
Chr6:41630969 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B14,B3,B70 |
Chr6:41631077 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,B91 |
Chr6:41631115 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B3,C62 |
Chr6:41631125 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769646.1PF00201
UDPGT 249-377 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769646.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 249 | 377 | 9.7e-18 | 65.0 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。