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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002887

染色体: Chr06 坐标: 41734394-41737301 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002887
名称SmilChr06G002887
描述uncharacterized SmilChr06G002887
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41734394 - 41737301 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989648
GeneID130989648
locus_tag-
NCBI NameLOC130989648
原始查询SmilChr06G002887

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822584]; symbol=AT3G29270; hit=AT3G29270; species=arabidopsis; confidence=high
产物RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822584]; symbol=AT3G29270; hit=AT3G29270; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G29270 (AT3G29270)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822584]
identity=62.8; qcov=1.01; evalue=7.39e-113; confidence=high
RiceOs03g0211100
-
identity=64.5; qcov=1; evalue=1.95e-112; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF13445 (zf-RING_UBOX)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989648

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057769666.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057769666.1
3 Endosome 内体 0.40000 XP_057769666.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057769666.1
5 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057769666.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41735922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:41735961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr6:41736036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,A5,B24,C17,C48
Chr6:41736243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr6:41736271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A21,B1,B13,B74
Chr6:41736357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C71
Chr6:41736359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C8
Chr6:41736505 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr6:41736640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769666.1
262 aa
N
1
131
262
zf-RING_UBOX
C
PF13445 zf-RING_UBOX 46-77 aa
XP_057769667.1
262 aa
N
1
131
262
zf-RING_UBOX
C
PF13445 zf-RING_UBOX 46-77 aa
XP_057769668.1
262 aa
N
1
131
262
zf-RING_UBOX
C
PF13445 zf-RING_UBOX 46-77 aa
XP_057769669.1
262 aa
N
1
131
262
zf-RING_UBOX
C
PF13445 zf-RING_UBOX 46-77 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769666.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 46 77 1.8e-08 35.0 RING-type zinc-finger
XP_057769667.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 46 77 1.8e-08 35.0 RING-type zinc-finger
XP_057769668.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 46 77 1.8e-08 35.0 RING-type zinc-finger
XP_057769669.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 46 77 1.8e-08 35.0 RING-type zinc-finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913683.1
AATTAATTTTGAAATATTTAGTATTAACAAGAAACAAATACAGATGAAATAAAAGAGATCGAGGTTGGTTTAAGCCTGAAAGCTCAGCCTCACAAGTTATACCAGATACCGGACTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACGTCGGATCGATAGTGTTATTGGGTGGAGTCTATACCAGAGATGTAAAATGCTTGTTTTGTAGTGGTCCTAGCTAGCTCCAACATGTGGAATTTTGCATCCAACTGTCTGGCT...
XM_057913686.1
ATATTTAGTATTAACAAGAAACAAATACAGATGAAATAAAAGAGATCGAGGTTGGTTTAAGCCTGAAAGCTCAGCCTCACAAGTTATACCAGATACCGGACTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACGTCGGATCGATAGTGGTCCTAGCTAGCTCCAACATGTGGAATTTTGCATCCAACTGTCTGGCTGGAACTAGAGGGCTCAAGAATGATGTGCTGAAGCCAACACAAAATTCAATGGATTGCTCTGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130989648
ATGTGGAATTTTGCATCCAACTGTCTGGCTGGAACTAGAGGGCTCAAGAATGATGTGCTGAAGCCAACACAAAATTCAATGGATTGCTCTGATGACGATGTTTCTTCCCATACTAGTAGAGAAGAAGGTTTGGAATGTCCGATATGCTGGGAATCTTTCAACCTTGTTGAAAACATACCATATGTTTTGTGGTGTGGACACACACTATGCAAAAACTGCATCCTAGGACTACAACTGGCTGTTGTGAAATTTCCCACTCT...
LOC130989648
ATGTGGAATTTTGCATCCAACTGTCTGGCTGGAACTAGAGGGCTCAAGAATGATGTGCTGAAGCCAACACAAAATTCAATGGATTGCTCTGATGACGATGTTTCTTCCCATACTAGTAGAGAAGAAGGTTTGGAATGTCCGATATGCTGGGAATCTTTCAACCTTGTTGAAAACATACCATATGTTTTGTGGTGTGGACACACACTATGCAAAAACTGCATCCTAGGACTACAACTGGCTGTTGTGAAATTTCCCACTCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057769666.1
MWNFASNCLAGTRGLKNDVLKPTQNSMDCSDDDVSSHTSREEGLECPICWESFNLVENIPYVLWCGHTLCKNCILGLQLAVVKFPTLPLQLPLFISCPWCNLLSLRLVYRGNLKFPRKNFFLLWMLESMNGDRGKPHSTNCGDHQGVCPSSTRLMGNTERSANYFHLSEQSGSSHDVSQFNSYHPLERLHLSLRKSLVFFVHLTAKFPLVIFFLLIILYVIPASAAILALYIVITVVFALPSFLILYFAYPSLDWLVREI...
XP_057769667.1
MWNFASNCLAGTRGLKNDVLKPTQNSMDCSDDDVSSHTSREEGLECPICWESFNLVENIPYVLWCGHTLCKNCILGLQLAVVKFPTLPLQLPLFISCPWCNLLSLRLVYRGNLKFPRKNFFLLWMLESMNGDRGKPHSTNCGDHQGVCPSSTRLMGNTERSANYFHLSEQSGSSHDVSQFNSYHPLERLHLSLRKSLVFFVHLTAKFPLVIFFLLIILYVIPASAAILALYIVITVVFALPSFLILYFAYPSLDWLVREI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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