Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002899

染色体: Chr06 坐标: 41814896-41817148 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002899
名称SmilChr06G002899
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39350
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向41814896 - 41817148 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989621
GeneID130989621
locus_tag-
NCBI NameLOC130989621
原始查询SmilChr06G002899

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39350
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39350
ArabidopsisAT5G39350 (AT5G39350)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833931]
identity=52.3; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0663900
-
identity=45.9; qcov=0.928; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769628.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769628.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769628.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769628.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769628.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:41814992 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B78
Chr6:41814992 GTC G 2bp_deletion CDS_variant 1 B78
Chr6:41815061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,C84
Chr6:41815160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr6:41815168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,C25,C56
Chr6:41815349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C36
Chr6:41815398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B35
Chr6:41815563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr6:41815624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr6:41815628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,B84,C46
Chr6:41815629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B81,C5
Chr6:41815700 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B51,C24,C71,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769628.1
676 aa
N
1
338
676
PPR
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
TPR_24
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 94-122 aa PF01535 PPR 167-192 aa PF12854 PPR_1 194-222 aa PF13041 PPR_2 194-240 aa PF01535 PPR 196-223 aa PF01535 PPR 269-295 aa PF13812 PPR_3 292-342 aa PF13041 PPR_2 294-342 aa PF01535 PPR 297-327 aa PF13041 PPR_2 397-442 aa PF01535 PPR 399-428 aa PF01535 PPR 471-497 aa PF13041 PPR_2 496-544 aa PF13812 PPR_3 497-545 aa PF01535 PPR 499-529 aa PF23276 TPR_24 509-612 aa PF01535 PPR 534-562 aa PF20431 E_motif 614-672 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 94 122 3.2e-66 215.8 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 192 3.2e-66 215.8 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 194 222 1.2e-33 115.2 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 194 240 1.3e-70 234.0 PPR repeat family
XP_057769628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 196 223 3.2e-66 215.8 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 269 295 3.2e-66 215.8 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 292 342 1.8e-31 108.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769628.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 294 342 1.3e-70 234.0 PPR repeat family
XP_057769628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 297 327 3.2e-66 215.8 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 397 442 1.3e-70 234.0 PPR repeat family
XP_057769628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 399 428 3.2e-66 215.8 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 471 497 3.2e-66 215.8 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 496 544 1.3e-70 234.0 PPR repeat family
XP_057769628.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 497 545 1.8e-31 108.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 499 529 3.2e-66 215.8 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 509 612 6.7e-19 68.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057769628.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 534 562 3.2e-66 215.8 PPR repeat
XP_057769628.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 614 672 2.1e-16 60.6 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913645.1
ACAAAACTATATACTTGTGTTAGTTGTAACTGAAATTTAAAGGCATGTAATAACATTAATGGGTATCCAGTTGATGAATGGCCAATCCCCTCCTCTGTCTCGCACGCTAAAGCACCTATTTTCCGCCAACGCGCCGCAATGCGAGTCCCTATTGCACCGCTGCGCCACCGCCGCCGCCAAATCCCTGCCCACCACCAAGAAGCTGCACGCCCACATCACCACCTCCGGCCTCCTCTCCACACATTTCCTCTCCCTACTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989621
ATGGGTATCCAGTTGATGAATGGCCAATCCCCTCCTCTGTCTCGCACGCTAAAGCACCTATTTTCCGCCAACGCGCCGCAATGCGAGTCCCTATTGCACCGCTGCGCCACCGCCGCCGCCAAATCCCTGCCCACCACCAAGAAGCTGCACGCCCACATCACCACCTCCGGCCTCCTCTCCACACATTTCCTCTCCCTACTCACCGCCGCATACGCCCTCTGCGGCGAGCTCCACCACGCCTGCAAACTGTTCGACGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769628.1
MGIQLMNGQSPPLSRTLKHLFSANAPQCESLLHRCATAAAKSLPTTKKLHAHITTSGLLSTHFLSLLTAAYALCGELHHACKLFDGMPKPTIIAYKAIIRMYTETARPRRALQVFVEMHHSGRYRADEYTYPFVIRACKDLVLLELGTVVHGLTVKTGFVLNSFVGNSLLAMYMNCGDRDGARAVFDSMEEERTVVSWNTMISGSFRNGRAKEALMLFQRMVDGDVEVDSATVLSVLPACGSLKDLEQGREVHRLIIDSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器