Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002902`

染色体: Chr06 坐标: 41831685-41834612 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002902`
名称	SmilChr06G002902
描述	UDP-glucose 6-dehydrogenase 1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	41831685 - 41834612 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989631`
GeneID	`130989631`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989631`
原始查询	`SmilChr06G002902`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-glucose 6-dehydrogenase 1-like
产物	UDP-glucose 6-dehydrogenase 1-like
Arabidopsis	`AT3G29360` (UGD2) UDP-glucose 6-dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822594] identity=91.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0443500` (UGD4) - identity=90.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003979 (UDP-glucose 6-dehydrogenase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006024 (glycosaminoglycan biosynthetic process); GO:0051287 (NAD binding)
KEGG	smil00040 (Pentose and glucuronate interconversions - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00520 (Amino sugar and nucleotide sugar metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00541 (Biosynthesis of various nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01250 (Biosynthesis of nucleotide sugars - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00984 (UDPG_MGDP_dh); PF03720 (UDPG_MGDP_dh_C); PF03721 (UDPG_MGDP_dh_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989631

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057769643.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057769643.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057769643.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769643.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769643.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:41832148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B4,D6
`Chr6:41832178`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:41832421`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B4,D6
`Chr6:41832615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr6:41833379`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B9
`Chr6:41833379`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769643.1

480 aa

240

480

UDPG_MGDP_dh_N

UDPG_MGDP_dh

UDPG_MGDP_dh_C

PF03721 UDPG_MGDP_dh_N 3-198 aa PF00984 UDPG_MGDP_dh 210-304 aa PF03720 UDPG_MGDP_dh_C 328-451 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769643.1`	Pfam	`PF03721`	UDPG_MGDP_dh_N	Domain	3	198	2.5e-66	223.8	UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain
`XP_057769643.1`	Pfam	`PF00984`	UDPG_MGDP_dh	Domain	210	304	4.5e-33	113.9	UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain
`XP_057769643.1`	Pfam	`PF03720`	UDPG_MGDP_dh_C	Domain	328	451	3.8e-32	111.5	UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913660.1
CGCCCCCCACAAGGGCAATTTAGGTATTTCGAGTCCTCAGCGAAGGAGTGTTTTCCACATTTTCTCCTTCCCCGAAGCTGTGGGTGGAAGGGTGTTTTTGTCTTTTCGCGTAGATGTCGGGTGCAGATCTTGCAACCCCCAACGACTATATAATCAGCTACCCGCTCTCTCTCTCTCTTCGTATGAATTCTTAATTCCTTCGTACACACATTTCACTTTGCAGATCTCTCGCTTTTTCCTCCTAGCAAACGAATCGCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989631
ATGGTGAAGATATGCTGTATTGGGGCAGGATATGTGGGAGGCCCTACCATGGCCGTGATCGCATACAAGTGTCCTAAAATTGAAGTGGCCGTAGTTGACATTTCCGTTCCTCGTATCAATGCCTGGAACAGTGACCAGCTTCCCATCTACGAGCCAGGACTTGATGATGTGGTGAAGCAGTGCCGTGGCAAGAATCTGTTCTTCAGCACAGATGTTGAGAAACACGTGTTTGAGGCCGACATAGTCTTTGTCTCGGTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769643.1
MVKICCIGAGYVGGPTMAVIAYKCPKIEVAVVDISVPRINAWNSDQLPIYEPGLDDVVKQCRGKNLFFSTDVEKHVFEADIVFVSVNTPTKTRGLGAGKAADLTYWESAARMIADVSKSDKIVVEKSTVPVKTAEAIEKILTHNSKGINYQILSNPEFLAEGTAIKDLFNPDRVLIGGRETPEGDKAVKALKDVYAHWVPEDRIITTNLWSAELSKLAANAFLAQRISSVNAMSALCEATGADVAQVAYAVGTDSRIGPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器