Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002914`

染色体: Chr06 坐标: 42002592-42005417 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002914`
名称	SmilChr06G002914
描述	uncharacterized SmilChr06G002914
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	42002592 - 42005417 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989655`
GeneID	`130989655`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989655`
原始查询	`SmilChr06G002914`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribosomal L32p protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839215]; symbol=AT1G26740; hit=AT1G26740; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Ribosomal L32p protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839215]; symbol=AT1G26740; hit=AT1G26740; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G26740` (AT1G26740) Ribosomal L32p protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839215] identity=56.8; qcov=0.922; evalue=1.28e-35; confidence=medium
Rice	`Os10g0407100` (OSJNBa0060A14.18) - identity=68.8; qcov=0.477; evalue=8.52e-22; confidence=medium
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005762 (mitochondrial large ribosomal subunit); GO:0006412 (translation)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01783 (Ribosomal_L32p)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989655

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057769680.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057769680.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769680.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769680.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769680.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:42004803`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,B47,D1
`Chr6:42004942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B2,D6
`Chr6:42004943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B2,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769680.1

128 aa

128

Ribosomal_L32p

PF01783 Ribosomal_L32p 73-120 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769680.1`	Pfam	`PF01783`	Ribosomal_L32p	Family	73	120	6.3e-12	46.2	Ribosomal L32p protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913697.1
TTCTTTTCTTTTTCTTCATCAACATTGCTCTTTTCATATAAAGACCATGTCTCAAATTAAAAAAAAAATGGCCCAACTTTGATAAGTAAAATCAAGCCCAAACTAACAAATCTCTCTTTCTCTCTCATATACAATCGGTCTCCTCTCTCTCCTCGTATCTCTCACTCTCTCAATCTCACAGTCACAGATACGCAAACACATCCCCCCACCGCTTCCTCCTCAGGCGAAGGGCGCCGCCCTCGACCTCCGCCGCCAAAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989655
ATGCTAAGATACGCCGGCAGAAAATCGGACTCAGCCGTTGGAGGCTTCCGGCGGCTGGTGCACTCACTGGCCCAACCTGCGCCGTTGGCGACCGCTATCAACCACCATTTCAGTACCACATTGCCGCCGTTTGTTTTGCCGGAAAATCATGACGACAATAATAGGGGCTCTCATCTTCTCGATTCTCCTTTCTTTGGCGGGGCTATGGAATTGATGGCAGTCCCCAAGAGGAAGGTTTCTCCACACAGGAGGGGTATTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769680.1
MLRYAGRKSDSAVGGFRRLVHSLAQPAPLATAINHHFSTTLPPFVLPENHDDNNRGSHLLDSPFFGGAMELMAVPKRKVSPHRRGIRNGPKALKPVPVIIKCKVCGRVKLPHFFCCGGIKPNPEENNN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器