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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002920

染色体: Chr06 坐标: 42068908-42071222 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002920
名称SmilChr06G002920
描述UDP-glycosyltransferase 83A1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42068908 - 42071222 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989664
GeneID130989664
locus_tag-
NCBI NameLOC130989664
原始查询SmilChr06G002920

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 83A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 83A1-like
ArabidopsisAT3G02100 (AT3G02100)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820287]
identity=43.2; qcov=1.04; evalue=2e-128; confidence=medium
RiceOs03g0757500
-
identity=43.2; qcov=1.02; evalue=8.92e-126; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989664

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057769686.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057769686.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769686.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769686.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769686.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42069124 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,C23,D11
Chr6:42069188 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A7,B32,B43,D10
Chr6:42069189 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 6 B11,B138,B41,B89,C3,C46
Chr6:42069244 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B121,B127
Chr6:42069249 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 3 A19,B121,B127
Chr6:42069249 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 3 A19,B121,B127
Chr6:42069250 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 3 A19,B121,B127
Chr6:42069250 G GCA 2bp_insertion CDS_variant 3 A19,B121,B127
Chr6:42069282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr6:42069293 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr6:42069293 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr6:42069370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B121,B127

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769686.1
448 aa
N
1
224
448
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 263-420 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769686.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 263 420 5.1e-22 79.1 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913703.1
CAAAGATATAGCAAGAAAAAGGAGAATGGGGAGAGCTCACGTGGTGGCGATTCCGTATCCAGCGCAAGGGCACGTGATTCCGATGATGGAGCTCGCGCAGTGCCTAGCGAAGAACGGCGTGAGAGTGACGTTCGTGAACACGGAGTCGAACCACCGGCGGGTGGTGGAGGCGCTGCCGATGCAGATGGAAGAGCTGCTGGATTTGGTTTCGGTGCCGGACGGTCTGGATTGCTGGGAAGATCGCATGGATTTCGCCAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989664
ATGGGGAGAGCTCACGTGGTGGCGATTCCGTATCCAGCGCAAGGGCACGTGATTCCGATGATGGAGCTCGCGCAGTGCCTAGCGAAGAACGGCGTGAGAGTGACGTTCGTGAACACGGAGTCGAACCACCGGCGGGTGGTGGAGGCGCTGCCGATGCAGATGGAAGAGCTGCTGGATTTGGTTTCGGTGCCGGACGGTCTGGATTGCTGGGAAGATCGCATGGATTTCGCCAAGTCGGTGGAGGCGCTGGGCAGGGTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769686.1
MGRAHVVAIPYPAQGHVIPMMELAQCLAKNGVRVTFVNTESNHRRVVEALPMQMEELLDLVSVPDGLDCWEDRMDFAKSVEALGRVLPPELQALIQSINATQTDAVTCIVTDVFMAGITQAYESFRLIKRAAFLPAAAALLALTTSADKLVDDGIIDTNGTPLQSEPIRLSPSMPAVNPNHFAWLCLPDLASRKLIFQSVVDNNKSAKLADFLICNSSSALEPAALGFLGNCRPIGPLLGRQAGHFWPENPTCLSWLDRQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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