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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002923

染色体: Chr06 坐标: 42088723-42089301 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002923
名称SmilChr06G002923
描述PRA1 family protein B1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42088723 - 42089301 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990974
GeneID130990974
locus_tag-
NCBI NameLOC130990974
原始查询SmilChr06G002923

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述PRA1 family protein B1-like
产物PRA1 family protein B1-like
ArabidopsisAT2G38360 (PRA1.B4)
prenylated RAB acceptor 1.B4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818416]
identity=65.2; qcov=0.368; evalue=2.56e-11; confidence=low
RiceOs04g0589700 (OsPUB35)
-
identity=40.3; qcov=0.536; evalue=5.59e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990974

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057771165.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057771165.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057771165.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057771165.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057771165.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42088787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B26
Chr6:42089295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915182.1
ATGGCCGCTCGCTCAGCCGCGCAGGAAGGTTTTGGGGGAAACTCCGATTTCGCGGCGTTTAGGGCTTGCGAGGAGGCGGTGCTGCGTCAGATCCCGGTCTCCGACGACGACGAGCAGATCCTGCAGCTGTTGATGAGCTCCGACTGTATGAAATCGATGGCGATCGTGCTCCAGAGAGGGAGCGGCGAGGCCAGATTCGGCGTGCTTGTGTCGGCGCTCATGGTCGGCCTCGCCATTGTCTTCGCGCACGGTGCTTTTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990974
ATGGCCGCTCGCTCAGCCGCGCAGGAAGGTTTTGGGGGAAACTCCGATTTCGCGGCGTTTAGGGCTTGCGAGGAGGCGGTGCTGCGTCAGATCCCGGTCTCCGACGACGACGAGCAGATCCTGCAGCTGTTGATGAGCTCCGACTGTATGAAATCGATGGCGATCGTGCTCCAGAGAGGGAGCGGCGAGGCCAGATTCGGCGTGCTTGTGTCGGCGCTCATGGTCGGCCTCGCCATTGTCTTCGCGCACGGTGCTTTTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771165.1
MAARSAAQEGFGGNSDFAAFRACEEAVLRQIPVSDDDEQILQLLMSSDCMKSMAIVLQRGSGEARFGVLVSALMVGLAIVFAHGAFRVPEDLFLDEAEPLARVPSLLSFLAGGAPAPQPPIAARA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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