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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002929

染色体: Chr06 坐标: 42153638-42155436 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002929
名称SmilChr06G002929
描述anaphase-promoting complex subunit 5-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42153638 - 42155436 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989669
GeneID130989669
locus_tag-
NCBI NameLOC130989669
原始查询SmilChr06G002929

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述anaphase-promoting complex subunit 5-like
产物anaphase-promoting complex subunit 5-like
ArabidopsisAT1G06590 (AT1G06590)
anaphase-promoting complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837170]
identity=46.9; qcov=1; evalue=8.23e-86; confidence=high
RiceOs12g0626300 (APC5)
-
identity=38.2; qcov=0.997; evalue=1.99e-53; confidence=medium
GOGO:0005680 (anaphase-promoting complex); GO:0031145 (anaphase-promoting complex-dependent catabolic process); GO:0045842 (positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition); GO:0070979 (protein K11-linked ubiquitination)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057769695.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057769695.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057769695.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057769695.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057769695.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42153797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr6:42154234 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 18 B114,B123,B135,B34,B38,B39,B50,B52,B65,B75,B97,C34,C46,C47,C76,C81,D11,D3
Chr6:42154245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr6:42154305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr6:42154397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C49
Chr6:42154583 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 10 A14,A20,B51,B85,B94,C18,C19,C60,C65,C83
Chr6:42154914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B39,C36
Chr6:42154971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C3
Chr6:42155051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C39
Chr6:42155160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913712.1
CTTTTTAAAAATCTCAAATTTATAGCGCCATTAGCCACAGCTCATCTCTCTCATTCAAAAACCCTATAGCAAAAACCTCTCGCCGGTTTCCGATTCCTTTATCGTCGGCGATGGCGGTCGTTTCCAAGCCGCCGGCGAGCTTCGCCGTCACCCCGCACAAGCTCTCCATTTGCATATTGGTTCAAGTTTACGCGCCGCCTTCTCAAATTTCCATCCCCTTCCCTTTCTCCTCAGTTTCGCAGCACAATCGTCTCGGAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989669
ATGGCGGTCGTTTCCAAGCCGCCGGCGAGCTTCGCCGTCACCCCGCACAAGCTCTCCATTTGCATATTGGTTCAAGTTTACGCGCCGCCTTCTCAAATTTCCATCCCCTTCCCTTTCTCCTCAGTTTCGCAGCACAATCGTCTCGGAATTTTCCTCAGATCCCTCACCAAGGACTGTGGTGGCATTTTCGAGCCTACGTTGGATGAGTTGATTGCTCAGCTGAAGGAGATTGGTGGCTTGCTCAATCACTGGTTGAGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769695.1
MAVVSKPPASFAVTPHKLSICILVQVYAPPSQISIPFPFSSVSQHNRLGIFLRSLTKDCGGIFEPTLDELIAQLKEIGGLLNHWLSDHLMRRLSSLASPDDLFNLFADLRGIIGGSDSNVMDDDQIMLDPNSIIGMFIRRCLLTFNQMSFEGICHLLTSIGSYCKESFSGYPPPYESSHMDESTSYPNAPSEYENMDMENFYEKSREDFEESKTEIGRIPFYGQSSKTYSEFSDDCGISSSHRLEHIDKNAEVKSCVLSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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