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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002930

染色体: Chr06 坐标: 42156143-42163095 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002930
名称SmilChr06G002930
描述protein RIK
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42156143 - 42163095 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989671
GeneID130989671
locus_tag-
NCBI NameLOC130989671
原始查询SmilChr06G002930

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein RIK
产物protein RIK
ArabidopsisAT3G29390 (RIK)
RS2-interacting KH protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822600]
identity=50.3; qcov=0.982; evalue=5.5e-140; confidence=high
RiceOs03g0213900
-
identity=47.3; qcov=0.492; evalue=3.82e-51; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF22675 (KH-I_KHDC4-BBP); PF23469 (KH_12)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989671

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769697.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057769697.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057769702.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769697.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769697.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42157910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr6:42158863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C23
Chr6:42159656 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A1,B29,B44,C44,C64,C66,C87,C9,D5
Chr6:42159658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:42159670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr6:42159684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C22,C44
Chr6:42159689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr6:42159710 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B123,C24,D3
Chr6:42159710 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,C24,D3
Chr6:42159728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B49,C22,C32,C68
Chr6:42159739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr6:42159839 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A4,B105,B114,C54,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769697.1
579 aa
N
1
290
579
KH_12
KH-I_KHDC4-BBP
C
PF23469 KH_12 112-199 aa PF22675 KH-I_KHDC4-BBP 222-296 aa
XP_057769698.1
574 aa
N
1
287
574
KH_12
KH-I_KHDC4-BBP
C
PF23469 KH_12 107-194 aa PF22675 KH-I_KHDC4-BBP 217-291 aa
XP_057769699.1
524 aa
N
1
262
524
KH_12
KH-I_KHDC4-BBP
C
PF23469 KH_12 57-144 aa PF22675 KH-I_KHDC4-BBP 167-241 aa
XP_057769700.1
524 aa
N
1
262
524
KH_12
KH-I_KHDC4-BBP
C
PF23469 KH_12 57-144 aa PF22675 KH-I_KHDC4-BBP 167-241 aa
XP_057769701.1
524 aa
N
1
262
524
KH_12
KH-I_KHDC4-BBP
C
PF23469 KH_12 57-144 aa PF22675 KH-I_KHDC4-BBP 167-241 aa
XP_057769702.1
490 aa
N
1
245
490
KH_12
KH-I_KHDC4-BBP
C
PF23469 KH_12 112-199 aa PF22675 KH-I_KHDC4-BBP 222-296 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769697.1 Pfam PF23469 KH_12 Domain 112 199 1.2e-40 138.3 KH-domain
XP_057769697.1 Pfam PF22675 KH-I_KHDC4-BBP Domain 222 296 5.1e-31 107.1 KHDC4/BBP-like, KH-domain type I
XP_057769698.1 Pfam PF23469 KH_12 Domain 107 194 1.2e-40 138.3 KH-domain
XP_057769698.1 Pfam PF22675 KH-I_KHDC4-BBP Domain 217 291 4.9e-31 107.1 KHDC4/BBP-like, KH-domain type I
XP_057769699.1 Pfam PF23469 KH_12 Domain 57 144 9e-41 138.7 KH-domain
XP_057769699.1 Pfam PF22675 KH-I_KHDC4-BBP Domain 167 241 3.7e-31 107.5 KHDC4/BBP-like, KH-domain type I
XP_057769700.1 Pfam PF23469 KH_12 Domain 57 144 9e-41 138.7 KH-domain
XP_057769700.1 Pfam PF22675 KH-I_KHDC4-BBP Domain 167 241 3.7e-31 107.5 KHDC4/BBP-like, KH-domain type I
XP_057769701.1 Pfam PF23469 KH_12 Domain 57 144 9e-41 138.7 KH-domain
XP_057769701.1 Pfam PF22675 KH-I_KHDC4-BBP Domain 167 241 3.7e-31 107.5 KHDC4/BBP-like, KH-domain type I
XP_057769702.1 Pfam PF23469 KH_12 Domain 112 199 7.4e-41 139.0 KH-domain
XP_057769702.1 Pfam PF22675 KH-I_KHDC4-BBP Domain 222 296 3.5e-31 107.6 KHDC4/BBP-like, KH-domain type I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913719.1
TTCGAATTGGGCAAAGATTCAAACCATACGAATACTCGGGTAGTATCGTTCAGGTTCTTCTTTCTGCAAGCTCATAAAGCCCGCACACTGACGCAGATTGGTACAGACTAATTATCGCGCAATTTCAATCTAAAACGGAAACAACACAATCTATTATGGCGAAAAATTGTGGAAGAAGGTAACGGATTAAATCAATGACGGAAGACAGTTGCCCTAGGGTTTCATCATCAGCGGAATCTGATTCATCAGTGACCAAACAA...
XM_057913714.1
GGCAAAGATTCAAACCATACGAATACTCGGGTAGTATCGTTCAGGTTCTTCTTTCTGCAAGCTCATAAAGCCCGCACACTGACGCAGATTGGTACAGACTAATTATCGCGCAATTTCAATCTAAAACGGAAACAACACAATCTATTATGGCGAAAAATTGTGGAAGAAGGTAACGGATTAAATCAATGACGGAAGACAGTTGCCCTAGGGTTTCATCATCAGCGGAATCTGATTCATCAGTGACCAAACAAAGTCGGTTG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130989671
ATGACGGAAGACAGTTGCCCTAGGGTTTCATCATCAGCGGAATCTGATTCATCAGTGACCAAACAAAGTCGGTTGTTTTGTAGAAAAAAGAGAAAGTGGGATCAGCCTGACGAATCATTGCTTTCTGGTGGTGTAGCAGTTCCAGGGATATTTCCACTGGCAAACATGGGATATTTGCCCATGCCTGCTGTCTCCATAGTGGCTGGTGCTCCTATTGCAATCCCTTTTTCCACTTCTAACGCCAACCCACTACAAGTTAT...
LOC130989671
ATGACGGAAGACAGTTGCCCTAGGGTTTCATCATCAGCGGAATCTGATTCATCAGTGACCAAACAAAGAAAAAAGAGAAAGTGGGATCAGCCTGACGAATCATTGCTTTCTGGTGGTGTAGCAGTTCCAGGGATATTTCCACTGGCAAACATGGGATATTTGCCCATGCCTGCTGTCTCCATAGTGGCTGGTGCTCCTATTGCAATCCCTTTTTCCACTTCTAACGCCAACCCACTACAAGTTATTCAGGTGCCTTTACA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057769697.1
MTEDSCPRVSSSAESDSSVTKQSRLFCRKKRKWDQPDESLLSGGVAVPGIFPLANMGYLPMPAVSIVAGAPIAIPFSTSNANPLQVIQVPLQQHAAAIVQKLVQPKIQDELIAREIVINDADSAVRYKLTKRQTQEEIQKSTGAVVITRGKYHPPNAPPDGERPLYLHISAASHLETTAERIKAVDYAAAMVEEMLKQPTLNSGVKVDHLLSTCIFLGFEVDPSVDIASRIRGPNDQYVNHITNETGATVSLRGQRSGFA...
XP_057769698.1
MTEDSCPRVSSSAESDSSVTKQRKKRKWDQPDESLLSGGVAVPGIFPLANMGYLPMPAVSIVAGAPIAIPFSTSNANPLQVIQVPLQQHAAAIVQKLVQPKIQDELIAREIVINDADSAVRYKLTKRQTQEEIQKSTGAVVITRGKYHPPNAPPDGERPLYLHISAASHLETTAERIKAVDYAAAMVEEMLKQPTLNSGVKVDHLLSTCIFLGFEVDPSVDIASRIRGPNDQYVNHITNETGATVSLRGQRSGFAENGQT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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