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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002932

染色体: Chr06 坐标: 42168195-42168665 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002932
名称SmilChr06G002932
描述uncharacterized SmilChr06G002932
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42168195 - 42168665 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990975
GeneID130990975
locus_tag-
NCBI NameLOC130990975
原始查询SmilChr06G002932

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=25.6; qcov=0.801; evalue=2.12e-10; confidence=low
RiceOs06g0521000
-
identity=30.6; qcov=0.776; evalue=1.01e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771167.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771167.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771167.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771167.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771167.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42168198 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B48,C30
Chr6:42168201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C80,D11
Chr6:42168202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B48
Chr6:42168204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,D10
Chr6:42168210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C5,C86,D9
Chr6:42168231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr6:42168264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B54
Chr6:42168273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C50
Chr6:42168275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr6:42168277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C26
Chr6:42168293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr6:42168313 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A3,A8,B137,B18,B40,B43,B74,C19,C29,C4,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915184.1
ATGCCGGCGGCCAAACGTAGCAACTATTATCCGCCAGAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCGCCCTCTGCACCCAATACAACGCTGAAAAGCCCCGAGCATCTATTTCACGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACAGGTGGCGAAGGATTCGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGTCACGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990975
ATGCCGGCGGCCAAACGTAGCAACTATTATCCGCCAGAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCGCCCTCTGCACCCAATACAACGCTGAAAAGCCCCGAGCATCTATTTCACGCGACGTCACGCAAATCAAATCTCACTTTCAACAGGTGGCGAAGGATTCGAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAAATGTCACGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771167.1
MPAAKRSNYYPPETVLICRLYCEHTHDSVVGVDQKGAKFWGALCTQYNAEKPRASISRDVTQIKSHFQQVAKDSKRFEAMHKKCHDEWKSGMSDGQILEQAEAMWLAEYRVSFRYSHAWKILRESQEICKSQRGCSLRCPFGQTIKGVRRSSHNDF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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