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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002938

染色体: Chr06 坐标: 42200097-42203851 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002938
名称SmilChr06G002938
描述uncharacterized SmilChr06G002938
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42200097 - 42203851 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989676
GeneID130989676
locus_tag-
NCBI NameLOC130989676
原始查询SmilChr06G002938

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述myb-like protein Q [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833915]; symbol=AT5G39200; hit=AT5G39200; species=arabidopsis; confidence=low
产物myb-like protein Q [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833915]; symbol=AT5G39200; hit=AT5G39200; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G39200 (AT5G39200)
myb-like protein Q [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833915]
identity=31.1; qcov=0.755; evalue=2.71e-16; confidence=low
RiceOs07g0298100
-
identity=33.5; qcov=0.59; evalue=2.89e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057769708.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057769708.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057769708.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769708.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769708.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42202653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,A3,D11
Chr6:42202768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:42202965 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C3
Chr6:42203013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:42203043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:42203060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:42203067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B132,C50
Chr6:42203209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr6:42203236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B137,B55,C2,D2
Chr6:42203409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr6:42203481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:42203516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B107,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913725.1
GAAAGGAGCATAAAAGTTCAAGATTTGGGCAATAACATGATTCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAGTACTTTTTCTACTCCAATCGAACTTGGTACCACTGAAGTGAGCCGACATCGCCATCAATTTCGAGCTCACAGACAGATTTGACTAGGTATTGAACAGCATCATCGATTGAATCAAATCTTGCAAGATCAGGTGGAAGAGATTTACCAGGCCACCTCTGCAACCACCCTTTCAATCTCTCGCGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989676
ATGGAATCCGAGCAAGCGAAAGGAGGCACGTCTGAAGAAGCAAAGGCTCGGCATCTTACATCTTCGTCCTCTGCATCTTCCTCGTCCTCATCATCGCATGCTTCATTGGAGCACGATGTTCCCATTGCCAAATCCAAGTCCGAGGGAGACCTGCAAGGATCCGTTGCCACGCCTGATTGCCCTGCTCAGACACCGGAGTGGGGCATGTTGAGCTCGTCCCCTAATGTTGGTCCCCAGGGGAACTTATCTCCGACAGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769708.1
MESEQAKGGTSEEAKARHLTSSSSASSSSSSSHASLEHDVPIAKSKSEGDLQGSVATPDCPAQTPEWGMLSSSPNVGPQGNLSPTASPPVQTMGHPSDYDPDRIPASVFSNKPANTSEWSVASNDSLFSIHVGNNSFAKDQFRSGELARLEESSNGQSSLYASEAKPNELCSLPVSLPPLMEVPANEEGSTKSSNVSSLETIASKGGATTPRLSNESGTSFAFPVLASEGGKACSLEKVEEKPEMEAQDSNSATPEPTTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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