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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002939

染色体: Chr06 坐标: 42215017-42219030 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002939
名称SmilChr06G002939
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RPK2
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42215017 - 42219030 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989679
GeneID130989679
locus_tag-
NCBI NameLOC130989679
原始查询SmilChr06G002939

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RPK2
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RPK2
ArabidopsisAT3G02130 (RPK2)
receptor-like protein kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821240]
identity=60.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0602700
-
identity=53.8; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989679

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769711.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769711.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769711.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769711.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769711.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42216092 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr6:42216188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr6:42216366 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr6:42216524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,C2,C32,C68
Chr6:42216639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr6:42216660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:42216885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B107,C5
Chr6:42216917 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 46 A15,A19,A20,B101,B106,B107,B110,B12,B126,B129,B130,B136,B137,B15,B17,B2,B40,B48,B55,B61,B63,B67,B8,B81,B82,B83,B91,C14,C17,C2,C21,C24,C29,C30,C34,C4,C41,C47,C48,C49,C5,C86,D10,D2,D6,D7
Chr6:42217184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B107,C5
Chr6:42217227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr6:42217275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:42217779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769711.1
1131 aa
N
1
566
1131
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 38-77 aa PF00560 LRR_1 157-179 aa PF00560 LRR_1 181-203 aa PF00560 LRR_1 254-276 aa PF00560 LRR_1 303-324 aa PF13516 LRR_6 596-610 aa PF13855 LRR_8 597-657 aa PF00560 LRR_1 599-620 aa PF00560 LRR_1 622-643 aa PF00560 LRR_1 647-668 aa PF00560 LRR_1 670-692 aa PF00069 Pkinase 854-1053 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 855-1123 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769711.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 38 77 1.2e-12 48.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057769711.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 157 179 4.9e-42 133.5 Leucine Rich Repeat
XP_057769711.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 181 203 4.9e-42 133.5 Leucine Rich Repeat
XP_057769711.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 254 276 4.9e-42 133.5 Leucine Rich Repeat
XP_057769711.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 303 324 4.9e-42 133.5 Leucine Rich Repeat
XP_057769711.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 596 610 5.7e-05 23.6 Leucine Rich repeat
XP_057769711.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 597 657 1e-40 138.0 Leucine rich repeat
XP_057769711.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 599 620 4.9e-42 133.5 Leucine Rich Repeat
XP_057769711.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 622 643 4.9e-42 133.5 Leucine Rich Repeat
XP_057769711.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 647 668 4.9e-42 133.5 Leucine Rich Repeat
XP_057769711.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 670 692 4.9e-42 133.5 Leucine Rich Repeat
XP_057769711.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 854 1053 6.6e-42 144.4 Protein kinase domain
XP_057769711.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 855 1123 3.3e-38 132.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913728.1
GAGATGGAATAATCAGCCCCCAGTCCTATTTCTAGTCTCACCAGTCCAGCTTTAGACCAAAATTCTGTTGAATTTAAAAATGTTTAGAACAAAAACATTGAATTGAATGGCGAGACTCACAAAAACTTGAAATGTGAACACCAAACCGTTTATTCAACAAAGGAAAGCAGCCTACTACTGTTCGTCTCCTTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCCAGATTCCATTTACATCTGCGGAGAGCTAGCTGCCAAACTTAGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989679
ATGGGTCCTTTCCCTCCTCTGATGAAATGGCGCCATCTTCGTGAGCCGTTGAAGCTCTTGATTTTCATTCTTGTTCTGTTTTCAGCTCGAGACGACACCGTTTGCGCCTCTGATTCGGACAAATCGGCCCTATTGGAGTTGAAGGCGTCGCTTTCGGACCCTTACGGAGTGCTGAGCAGCTGGAATTCTCAAAGCCCGGATCACTGCTCGTGGGCCGGGCTCTCCTGCGATTCGGGCTCTCGGGTCGTGGCGTTGAACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769711.1
MGPFPPLMKWRHLREPLKLLIFILVLFSARDDTVCASDSDKSALLELKASLSDPYGVLSSWNSQSPDHCSWAGLSCDSGSRVVALNLTGGGGNSLSCARIAQFPLYGFGIRRPCLGKVKILGQLPAAVAKLSELKILSLPFNELRGQIPVEIWGMEKLEVLDLEGNLISGSLPSQFSGLRSLRVLNLGFNEINGGIPNSLASCVGLQVVNLAGNQLNGSIPQFIGEFRDLRGLYFSYNLLTGSIPIEIGENCGKLEHLDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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