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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002941

染色体: Chr06 坐标: 42237095-42243710 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002941
名称SmilChr06G002941
描述nuclear transport factor 2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42237095 - 42243710 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989681
GeneID130989681
locus_tag-
NCBI NameLOC130989681
原始查询SmilChr06G002941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear transport factor 2-like
产物nuclear transport factor 2-like
ArabidopsisAT5G60980 (AT5G60980)
Nuclear transport factor 2 (NTF2) family protein with RNA binding (RRM-RBD-RNP motifs) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836219]
identity=46.6; qcov=0.991; evalue=1.19e-101; confidence=high
RiceOs03g0418800
-
identity=40.7; qcov=1.08; evalue=8.5e-99; confidence=medium
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005829 (cytosol); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1); PF02136 (NTF2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989681

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057769714.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057769714.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.60000 XP_057769714.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057769714.1
5 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057769714.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42237479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B97
Chr6:42237533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B57,B90,B92,C61
Chr6:42237587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr6:42239041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr6:42239075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,B140
Chr6:42239224 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B139,B82,B86,C7
Chr6:42239246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B19,B55,C23,C54,D10
Chr6:42240911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769714.1
458 aa
N
1
229
458
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 17-133 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057769715.1
458 aa
N
1
229
458
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 17-133 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057769716.1
458 aa
N
1
229
458
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 17-133 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057769717.1
458 aa
N
1
229
458
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 17-133 aa PF00076 RRM_1 306-366 aa
XP_057769718.1
457 aa
N
1
228
457
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 17-133 aa PF00076 RRM_1 306-365 aa
XP_057769719.1
457 aa
N
1
228
457
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 17-133 aa PF00076 RRM_1 306-365 aa
XP_057769720.1
457 aa
N
1
228
457
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 17-133 aa PF00076 RRM_1 306-365 aa
XP_057769721.1
457 aa
N
1
228
457
NTF2
RRM_1
C
PF02136 NTF2 17-133 aa PF00076 RRM_1 306-365 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769714.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 17 133 9.4e-34 117.1 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057769714.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 4.6e-11 43.2 RNA recognition motif
XP_057769715.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 17 133 9.4e-34 117.1 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057769715.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 4.6e-11 43.2 RNA recognition motif
XP_057769716.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 17 133 9.4e-34 117.1 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057769716.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 4.6e-11 43.2 RNA recognition motif
XP_057769717.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 17 133 9.4e-34 117.1 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057769717.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 366 4.6e-11 43.2 RNA recognition motif
XP_057769718.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 17 133 9.5e-34 117.1 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057769718.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 365 5.1e-11 43.0 RNA recognition motif
XP_057769719.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 17 133 9.5e-34 117.1 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057769719.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 365 5.1e-11 43.0 RNA recognition motif
XP_057769720.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 17 133 9.5e-34 117.1 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057769720.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 365 5.1e-11 43.0 RNA recognition motif
XP_057769721.1 Pfam PF02136 NTF2 Domain 17 133 9.5e-34 117.1 Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
XP_057769721.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 306 365 5.1e-11 43.0 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913737.1
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCCACATCCACACTAAGGTTTATTAATCAGGAATGGCTGCGCAAACTGTGAGTCCTCCGTCGACTCCAAGTGCTCAAGTGATTGGAAATGCTTTTGTGGAGCAGTATTACCATATTCTCCACCACTCTCCTGAATTGGTCTTCAGATTTTACCAGGATACAAGTCTACTGAGTAGACCAGACCCTAATGGCCTTATGACAACTGTGACAACTATGAAAAGCATCAATGATAA...
XM_057913732.1
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCCACATCCACACTAAGGTTTATTAATCAGGAATGGCTGCGCAAACTGTGAGTCCTCCGTCGACTCCAAGTGCTCAAGTGATTGGAAATGCTTTTGTGGAGCAGTATTACCATATTCTCCACCACTCTCCTGAATTGGTCTTCAGATTTTACCAGGATACAAGTCTACTGAGTAGACCAGACCCTAATGGCCTTATGACAACTGTGACAACTATGAAAAGCATCAATGATAA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130989681
ATGGCTGCGCAAACTGTGAGTCCTCCGTCGACTCCAAGTGCTCAAGTGATTGGAAATGCTTTTGTGGAGCAGTATTACCATATTCTCCACCACTCTCCTGAATTGGTCTTCAGATTTTACCAGGATACAAGTCTACTGAGTAGACCAGACCCTAATGGCCTTATGACAACTGTGACAACTATGAAAAGCATCAATGATAAAATATGTTCGTTGGACTACAAGAACTATAAGGCAGAGATAAAGACTGCTGATGCACAGGA...
LOC130989681
ATGGCTGCGCAAACTGTGAGTCCTCCGTCGACTCCAAGTGCTCAAGTGATTGGAAATGCTTTTGTGGAGCAGTATTACCATATTCTCCACCACTCTCCTGAATTGGTCTTCAGATTTTACCAGGATACAAGTCTACTGAGTAGACCAGACCCTAATGGCCTTATGACAACTGTGACAACTATGAAAAGCATCAATGATAAAATATGTTCGTTGGACTACAAGAACTATAAGGCAGAGATAAAGACTGCTGATGCACAGGA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057769714.1
MAAQTVSPPSTPSAQVIGNAFVEQYYHILHHSPELVFRFYQDTSLLSRPDPNGLMTTVTTMKSINDKICSLDYKNYKAEIKTADAQDSYKDGVIVLVSGCLTGKDNLRRKFTQTFFLAPQDKGYYVLNDVFRYVEENGSDTSAVVDIGVQETPSSSLEPNPGPAKVVDSPSTNHASSIVNEVEIIEGIVDDEVINEGQAVNDTDKLAEADPQVNENDVSVAVESLPCSPQEDGPKKSYASIVSSQTKKGPIKVYVPTNTA...
XP_057769715.1
MAAQTVSPPSTPSAQVIGNAFVEQYYHILHHSPELVFRFYQDTSLLSRPDPNGLMTTVTTMKSINDKICSLDYKNYKAEIKTADAQDSYKDGVIVLVSGCLTGKDNLRRKFTQTFFLAPQDKGYYVLNDVFRYVEENGSDTSAVVDIGVQETPSSSLEPNPGPAKVVDSPSTNHASSIVNEVEIIEGIVDDEVINEGQAVNDTDKLAEADPQVNENDVSVAVESLPCSPQEDGPKKSYASIVSSQTKKGPIKVYVPTNTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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