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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002942

染色体: Chr06 坐标: 42246493-42249704 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002942
名称SmilChr06G002942
描述uncharacterized SmilChr06G002942
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42246493 - 42249704 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989682
GeneID130989682
locus_tag-
NCBI NameLOC130989682
原始查询SmilChr06G002942

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述furry [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830700]; symbol=AT5G08060; hit=AT5G08060; species=arabidopsis; confidence=high
产物furry [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830700]; symbol=AT5G08060; hit=AT5G08060; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G08060 (AT5G08060)
furry [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830700]
identity=63.8; qcov=1.01; evalue=1.14e-54; confidence=high
RiceOs01g0763300
-
identity=59.7; qcov=0.984; evalue=5.91e-38; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989682

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769722.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769722.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769722.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769722.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769722.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42246617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,C82
Chr6:42246672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:42246719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B7,C64,C66
Chr6:42246737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:42246744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:42246820 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B103,B21,B22,B83,C44
Chr6:42246820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B21,B22,B83,C44
Chr6:42246870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B130,B84,C63
Chr6:42246945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr6:42246955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B7,B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913739.1
AAGCATTGTCGCTTTTAAAGCAGTGGCGACTCTGCTTTCCAATATACAGTTTTTTCGAGATTGATTTCTAATTTCCGACCTGCAATTGAAAGAAAATCCCCAAATTCAGCAATGGCGTCCACTGCGAAATCCCTATTCCAAACCCTCCGTCGTTACATCAAGAAGCCATGGGAATACACCGGCCCCGTCGCCCACCCGGAATACCAGCTCGCCATCCCCAAGGCGACGGAGTACCGGGTTTTCTGCCCCGCCACCGTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989682
ATGGCGTCCACTGCGAAATCCCTATTCCAAACCCTCCGTCGTTACATCAAGAAGCCATGGGAATACACCGGCCCCGTCGCCCACCCGGAATACCAGCTCGCCATCCCCAAGGCGACGGAGTACCGGGTTTTCTGCCCCGCCACCGTCCCCGGCAAGGCCATCGTGCCCAACTCACTCCCCGAAACCGTTTACGACATCAAGTATTTCAGCCGAGACCAGCGCCGCAACCGGCCGCCGATCAAACGCACCTTTTTGAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769722.1
MASTAKSLFQTLRRYIKKPWEYTGPVAHPEYQLAIPKATEYRVFCPATVPGKAIVPNSLPETVYDIKYFSRDQRRNRPPIKRTFLKKADVERMKKEKTFDLSEFPQPYLTATVIEDLDAIGGGYQK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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