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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002958

染色体: Chr06 坐标: 42385067-42388647 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002958
名称SmilChr06G002958
描述receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42385067 - 42388647 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989696
GeneID130989696
locus_tag-
NCBI NameLOC130989696
原始查询SmilChr06G002958

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein kinase FERONIA
产物receptor-like protein kinase FERONIA
ArabidopsisAT3G51550 (FER)
Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824318]
identity=39.9; qcov=0.688; evalue=4.79e-107; confidence=medium
RiceOs01g0769700 (DRUS2)
-
identity=58.4; qcov=0.363; evalue=1.27e-108; confidence=low
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989696

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769746.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769746.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769746.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769746.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769746.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42385219 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 11 A13,A18,B125,B131,B27,B57,B77,B88,C38,C44,C50
Chr6:42385499 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B79,D10,D8
Chr6:42385836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B79,D10,D8
Chr6:42386196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C14
Chr6:42386274 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 45 A2,B1,B100,B106,B119,B126,B127,B132,B15,B2,B23,B25,B33,B35,B38,B43,B44,B46,B54,B57,B61,B68,B76,B78,B79,B90,B98,C17,C20,C24,C28,C32,C36,C40,C42,C50,C57,C68,C78,C8,C86,D2,D7,D8,D9
Chr6:42386278 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 42 A2,B1,B100,B106,B119,B126,B127,B15,B2,B23,B25,B33,B35,B38,B43,B44,B46,B54,B57,B61,B68,B76,B78,B79,B90,B98,C17,C20,C28,C32,C36,C40,C42,C50,C57,C68,C78,C8,C86,D7,D8,D9
Chr6:42386318 AGC A 2bp_deletion frameshift_variant 9 B106,B122,B127,B35,C20,C40,C68,C85,C86
Chr6:42386324 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 8 B106,B122,B127,B35,C18,C20,C68,C85
Chr6:42386486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,C40,C45,D5
Chr6:42386534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C14
Chr6:42386799 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B60
Chr6:42386799 ATG A 2bp_deletion CDS_variant 1 B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769746.1
950 aa
N
1
475
950
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 298-570 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 299-571 aa PF00069 Pkinase 678-943 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 679-943 aa
XP_057769747.1
929 aa
N
1
464
929
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 298-570 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 299-571 aa PF00069 Pkinase 678-829 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 679-831 aa
XP_057769748.1
841 aa
N
1
420
841
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 298-570 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 299-571 aa PF00069 Pkinase 678-828 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 679-831 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769746.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 298 570 5e-92 308.7 Protein kinase domain
XP_057769746.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 299 571 1.1e-92 310.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769746.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 678 943 5e-92 308.7 Protein kinase domain
XP_057769746.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 679 943 1.1e-92 310.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769747.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 298 570 2.6e-78 263.8 Protein kinase domain
XP_057769747.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 299 571 1.5e-79 267.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769747.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 678 829 2.6e-78 263.8 Protein kinase domain
XP_057769747.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 679 831 1.5e-79 267.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769748.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 298 570 8e-78 262.2 Protein kinase domain
XP_057769748.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 299 571 8.3e-79 265.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057769748.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 678 828 8e-78 262.2 Protein kinase domain
XP_057769748.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 679 831 8.3e-79 265.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913764.1
ATGATTATCAACACCAACACCATGAATGGTAACATGAATCTGTGCCAACTCTCACTTGCTACACTATATCTCTGCTTGCTCATCACAATCACCGTCGTAACTAGTAATCCGACTTACTTCACAGTCGGCATCTCCATCAATTGTGGCTCATCTAAAACTTCTGCAGCACGCAGCGGAAAGGAATGGCAAGGAGATATACAACCAAGATTCTCTGCCTCGCTGCAGTTAAAGGGCTCATCAATGATTTCCACTGTCATCCA...
XM_057913763.1
ATGATTATCAACACCAACACCATGAATGGTAACATGAATCTGTGCCAACTCTCACTTGCTACACTATATCTCTGCTTGCTCATCACAATCACCGTCGTAACTAGTAATCCGACTTACTTCACAGTCGGCATCTCCATCAATTGTGGCTCATCTAAAACTTCTGCAGCACGCAGCGGAAAGGAATGGCAAGGAGATATACAACCAAGATTCTCTGCCTCGCTGCAGTTAAAGGGCTCATCAATGATTTCCACTGTCATCCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130989696
ATGATTATCAACACCAACACCATGAATGGTAACATGAATCTGTGCCAACTCTCACTTGCTACACTATATCTCTGCTTGCTCATCACAATCACCGTCGTAACTAGTAATCCGACTTACTTCACAGTCGGCATCTCCATCAATTGTGGCTCATCTAAAACTTCTGCAGCACGCAGCGGAAAGGAATGGCAAGGAGATATACAACCAAGATTCTCTGCCTCGCTGCAGTTAAAGGGCTCATCAATGATTTCCACTGTCATCCA...
LOC130989696
ATGATTATCAACACCAACACCATGAATGGTAACATGAATCTGTGCCAACTCTCACTTGCTACACTATATCTCTGCTTGCTCATCACAATCACCGTCGTAACTAGTAATCCGACTTACTTCACAGTCGGCATCTCCATCAATTGTGGCTCATCTAAAACTTCTGCAGCACGCAGCGGAAAGGAATGGCAAGGAGATATACAACCAAGATTCTCTGCCTCGCTGCAGTTAAAGGGCTCATCAATGATTTCCACTGTCATCCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057769746.1
MIINTNTMNGNMNLCQLSLATLYLCLLITITVVTSNPTYFTVGISINCGSSKTSAARSGKEWQGDIQPRFSASLQLKGSSMISTVIHKLTSADPVPHKTARLSRSQFSYLFQVNPGQKIIRLHFNSATYRGFEGIVDLFSVEAGPFTLLSDFSASLTADALGLDTFVKEFSVNIQENQHLIISFSPKSSQTLDTYAFINGIEIIGGYGVLASSNPLPPAQVSPSQIIRAFLASLVRRNATAAIVITIVSLLSIIVHKLRE...
XP_057769747.1
MIINTNTMNGNMNLCQLSLATLYLCLLITITVVTSNPTYFTVGISINCGSSKTSAARSGKEWQGDIQPRFSASLQLKGSSMISTVIHKLTSADPVPHKTARLSRSQFSYLFQVNPGQKIIRLHFNSATYRGFEGIVDLFSVEAGPFTLLSDFSASLTADALGLDTFVKEFSVNIQENQHLIISFSPKSSQTLDTYAFINGIEIIGGYGVLASSNPLPPAQVSPSQIIRAFLASLVRRNATAAIVITIVSLLSIIVHKLRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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