Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002966`

染色体: Chr06 坐标: 42444666-42448143 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002966`
名称	SmilChr06G002966
描述	receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	42444666 - 42448143 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990982`
GeneID	`130990982`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990982`
原始查询	`SmilChr06G002966`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	receptor-like protein kinase FERONIA
产物	receptor-like protein kinase FERONIA
Arabidopsis	`AT3G51550` (FER) Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824318] identity=38.03; qcov=0.618; evalue=1.46e-143; confidence=medium
Rice	`Os01g0769700` (DRUS2) - identity=38.12; qcov=0.616; evalue=5.55e-135; confidence=medium
GO	GO:0004714 (transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990982

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057771173.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:42444843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:42444855`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	B10,B106,B119,B12,B72,B95,C10,C42,C70,C86
`Chr6:42444916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,C80,D7
`Chr6:42444937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,B38,B72
`Chr6:42444944`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B72
`Chr6:42444944`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B72
`Chr6:42444945`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B38
`Chr6:42444945`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B38
`Chr6:42445014`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B69,C28,C39,C61
`Chr6:42445021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C52
`Chr6:42445048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C52
`Chr6:42445258`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771173.1

1072 aa

536

1072

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 386-655 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 386-658 aa PF00069 Pkinase 811-1060 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 819-1062 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771173.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	386	655	1.6e-73	248.1	Protein kinase domain
`XP_057771173.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	386	658	1.3e-84	284.3	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057771173.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	811	1060	1.6e-73	248.1	Protein kinase domain
`XP_057771173.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	819	1062	1.3e-84	284.3	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915190.1
ATGAGAATTGGGCCAACACTCCACAAGACGGCGAGAATCTCCCGCGCACAATTCTCGTATGCATTTCAACTCAACGCAGGTCAGAAAATCATCCGCCTTCACTTTAATCCCACTCCATACAGAGGGTTTAAAGGGTTGCGAGACTTTTTCACCGTTGAAGCTGGCCCTTTTACCTTGCTCAGTAATTTTAGTGCTTCCCTTATTGCTGATGCTCTTGGTGTGAATACTTTTGCTAAAGAATTCTGTTTAAATATTCAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990982
ATGAGAATTGGGCCAACACTCCACAAGACGGCGAGAATCTCCCGCGCACAATTCTCGTATGCATTTCAACTCAACGCAGGTCAGAAAATCATCCGCCTTCACTTTAATCCCACTCCATACAGAGGGTTTAAAGGGTTGCGAGACTTTTTCACCGTTGAAGCTGGCCCTTTTACCTTGCTCAGTAATTTTAGTGCTTCCCTTATTGCTGATGCTCTTGGTGTGAATACTTTTGCTAAAGAATTCTGTTTAAATATTCAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771173.1
MRIGPTLHKTARISRAQFSYAFQLNAGQKIIRLHFNPTPYRGFKGLRDFFTVEAGPFTLLSNFSASLIADALGVNTFAKEFCLNIQENRQLNLTFSPEISQSQHTYAFINGIEIISMPPSLSYFDSGEIGVRVLGQNSMVYFDDSIALEIVHRLHTKQDLNQPTGDFNGVFPKWATQRADKVKNNTWKMPVEVGFRYLIRLHFSDVGLKIAGVSGSMFKILVNEMIAYPNTEMVNGWNQDNILLYRDYMVVMRGRKQNGR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器