Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002980`

染色体: Chr06 坐标: 42616257-42617413 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002980`
名称	SmilChr06G002980
描述	putative receptor-like protein kinase At5g39000
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	42616257 - 42617413 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990989`
GeneID	`130990989`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990989`
原始查询	`SmilChr06G002980`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative receptor-like protein kinase At5g39000
产物	putative receptor-like protein kinase At5g39000
Arabidopsis	`AT3G46290` (HERK1) hercules receptor kinase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823774] identity=52.5; qcov=0.561; evalue=8.16e-59; confidence=medium
Rice	`Os03g0759600` (OsCrRLK1L1) - identity=51.8; qcov=0.547; evalue=1.07e-58; confidence=medium
GO	GO:0004714 (transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990989

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057771179.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057771179.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057771179.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771179.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771179.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:42616270`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A19,B47
`Chr6:42616270`	`C`	`CTA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A19,B47
`Chr6:42616310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr6:42616319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,C71
`Chr6:42616339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr6:42616348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr6:42616351`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr6:42616355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr6:42616357`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B100,B74
`Chr6:42616357`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B100,B74
`Chr6:42616366`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	A16,A3,B105,B15,B42,B57,B84,B90,B92,C18,C28,C61,C87
`Chr6:42616425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771179.1

353 aa

176

353

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 76-252 aa PF00069 Pkinase 83-249 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771179.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	76	252	2.3e-24	86.9	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057771179.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	83	249	2.4e-25	90.2	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915196.1
ATGACCCGACTTTCCATTAACTGCGGCTCGGCCGCCACTTCTGCGGCGCTCAACGGCAGAGAGTGGATCGGAGATATACGACCAAAGGGATCATCGCTGCTACAGATAAAGGGTTCATCAACCACCTCAACTGTCACACATAGCTCCATCTCTGCTGATCAAGCTCCCCACAAGACGGCGAGAATCTCTGCTTCTCAATTCTCCTACGCATTTCGAGTTAGCCCAGGTCTCACTTGGAAGCAACGCCTGGATATCTGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990989
ATGACCCGACTTTCCATTAACTGCGGCTCGGCCGCCACTTCTGCGGCGCTCAACGGCAGAGAGTGGATCGGAGATATACGACCAAAGGGATCATCGCTGCTACAGATAAAGGGTTCATCAACCACCTCAACTGTCACACATAGCTCCATCTCTGCTGATCAAGCTCCCCACAAGACGGCGAGAATCTCTGCTTCTCAATTCTCCTACGCATTTCGAGTTAGCCCAGGTCTCACTTGGAAGCAACGCCTGGATATCTGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771179.1
MTRLSINCGSAATSAALNGREWIGDIRPKGSSLLQIKGSSTTSTVTHSSISADQAPHKTARISASQFSYAFRVSPGLTWKQRLDICIGTARGLDYLHTGNGLIHRDVKASNILMDENLVPKVSDFGLAKPEDRSKLQSHVSTKVKGTYGYLDPYYYSSRKLTRKSDAYAFGVVLLEVLCERRPMDPRFEEEYCLTRWAGNKISEGEVNQIVASSLLDEILPDSLKVYVEVAERCLHDEPKKRPTMAQILVQLEFVLQHHE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器