Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G002994`

染色体: Chr06 坐标: 42829958-42834168 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G002994`
名称	SmilChr06G002994
描述	receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	42829958 - 42834168 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989728`
GeneID	`130989728`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989728`
原始查询	`SmilChr06G002994`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	receptor-like protein kinase FERONIA
产物	receptor-like protein kinase FERONIA
Arabidopsis	`AT3G51550` (FER) Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824318] identity=40.9; qcov=0.732; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os01g0769700` (DRUS2) - identity=41.4; qcov=0.671; evalue=4.01e-179; confidence=medium
GO	GO:0004714 (transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF11721 (Malectin); PF12819 (Malectin_like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989728

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057769784.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769784.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769784.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769784.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769784.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:42830359`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A18,B101,B108,B128,B24,B33,B61,B70,C18,C19,C38,C48,C5,D1,D10
`Chr6:42830408`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,B78,C85
`Chr6:42830433`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr6:42830459`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr6:42830513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr6:42830696`	`ACC`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B35
`Chr6:42830738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr6:42830834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr6:42831062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B111,B48
`Chr6:42831065`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr6:42831309`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B140,B40,B93
`Chr6:42831309`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B140,B40,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769784.1

1192 aa

596

1192

Malectin_like

Malectin

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF12819 Malectin_like 36-408 aa PF11721 Malectin 277-381 aa PF00069 Pkinase 506-772 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 506-774 aa PF00069 Pkinase 903-1102 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 905-1102 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769784.1`	Pfam	`PF12819`	Malectin_like	Domain	36	408	1.1e-25	91.4	Malectin-like domain
`XP_057769784.1`	Pfam	`PF11721`	Malectin	Domain	277	381	2e-13	51.4	Malectin domain
`XP_057769784.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	506	772	9.7e-67	225.8	Protein kinase domain
`XP_057769784.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	506	774	3.6e-73	246.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057769784.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	903	1102	9.7e-67	225.8	Protein kinase domain
`XP_057769784.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	905	1102	3.6e-73	246.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913801.1
ATCTTGAAGGCAATTTATTGCAATTCGCGTATACAATACCACGTTCAATGCAAGCGTATAGTACTAGTTCAATGAAATTATAAGGATATTATAAACAAATTTCAGAAGAAAATTATGTCCTACAAATTGGCCCATAGAGGAGAATTCAATGATGGAGGAAGCTTCTGAAGCAAGAATAGTATTGCCATTAAAAAAGAATCATAATGGGAGTACAAATCATCTATCTGTTACCTTTAAATAAAACACAAGACTTTAGGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989728
ATGTCATTTCCAGAGTTGCCACTTATTCTCATATTTCTGTGTTTTTTCTGGGAAATCTTTGCCACCAACATTCCTGCCACTCATCCCCTGCCTGACAGTATTGCCATTTCCTGCGGTTCTCCGGGCAGTTGGTCCGCGCTCGATGGGCGTGTCTGGATGGGAGATTCTGGACTCCAGTCCACCTTGTCACTGCAGATCAATGGCAAACCTTCCAACTCAAGAGCCATCCACCAACTCGCTTCATTCGATTCTGTACCCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769784.1
MSFPELPLILIFLCFFWEIFATNIPATHPLPDSIAISCGSPGSWSALDGRVWMGDSGLQSTLSLQINGKPSNSRAIHQLASFDSVPCKTARASRHAFSYVFRVKPGQKFIRLHFYQDSYKGFRKSEPLFTVKAGPYTLLTNFSTADALGAKHIIKEYCVNIDDGRALTISFFPAQGNKKSDDFYAFVNGIEVVSMPTGLYFTPEGELGALVVGHNYRFYIDNSTALELIQRLNVGGTTTSPAQDSCLFRRWDEDSNYLLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器