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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002995

染色体: Chr06 坐标: 42837169-42842962 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002995
名称SmilChr06G002995
描述WPP domain-interacting tail-anchored protein 2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42837169 - 42842962 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989729
GeneID130989729
locus_tag-
NCBI NameLOC130989729
原始查询SmilChr06G002995

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WPP domain-interacting tail-anchored protein 2-like
产物WPP domain-interacting tail-anchored protein 2-like
ArabidopsisAT5G11390 (WIT1)
WPP domain-interacting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831010]
identity=39; qcov=0.711; evalue=1.03e-70; confidence=medium
RiceOs05g0241000
-
identity=35.9; qcov=0.669; evalue=2.55e-55; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF26581 (WIT1_2_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989729

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057769785.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057769785.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057769785.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057769787.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769785.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42837578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B36,C1,C15,D8
Chr6:42837613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr6:42838328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr6:42838375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr6:42839775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,C6
Chr6:42839776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B133,C20
Chr6:42839791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr6:42840034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr6:42840122 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B11,B41,B89,C46
Chr6:42840122 TTA T 2bp_deletion CDS_variant 4 B11,B41,B89,C46
Chr6:42840133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr6:42840263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769785.1
658 aa
N
1
329
658
WIT1_2_N
C
PF26581 WIT1_2_N 83-218 aa
XP_057769786.1
654 aa
N
1
327
654
WIT1_2_N
C
PF26581 WIT1_2_N 79-214 aa
XP_057769787.1
620 aa
N
1
310
620
WIT1_2_N
C
PF26581 WIT1_2_N 45-180 aa
XP_057769788.1
620 aa
N
1
310
620
WIT1_2_N
C
PF26581 WIT1_2_N 45-180 aa
XP_057769789.1
620 aa
N
1
310
620
WIT1_2_N
C
PF26581 WIT1_2_N 45-180 aa
XP_057769790.1
620 aa
N
1
310
620
WIT1_2_N
C
PF26581 WIT1_2_N 45-180 aa
XP_057769791.1
620 aa
N
1
310
620
WIT1_2_N
C
PF26581 WIT1_2_N 45-180 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769785.1 Pfam PF26581 WIT1_2_N Domain 83 218 7.3e-50 169.0 WIT1/2, N-terminal helical bundle
XP_057769786.1 Pfam PF26581 WIT1_2_N Domain 79 214 7.2e-50 169.1 WIT1/2, N-terminal helical bundle
XP_057769787.1 Pfam PF26581 WIT1_2_N Domain 45 180 6.6e-50 169.2 WIT1/2, N-terminal helical bundle
XP_057769788.1 Pfam PF26581 WIT1_2_N Domain 45 180 6.6e-50 169.2 WIT1/2, N-terminal helical bundle
XP_057769789.1 Pfam PF26581 WIT1_2_N Domain 45 180 6.6e-50 169.2 WIT1/2, N-terminal helical bundle
XP_057769790.1 Pfam PF26581 WIT1_2_N Domain 45 180 6.6e-50 169.2 WIT1/2, N-terminal helical bundle
XP_057769791.1 Pfam PF26581 WIT1_2_N Domain 45 180 6.6e-50 169.2 WIT1/2, N-terminal helical bundle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913804.1
TCGATTACTATTTTGGAATTTTAAAAAATATAAATTTAACATATTTTCCGCAAAGAATTGAATAAATTAAAGTAAAATTAACTCCACACTCACCAAGGTGCGCCATTTCTAAACTGAACATAAGTTCAGAACGTACTGTAAGACTTGAAATGGATTCAGACAGTATTGAAGAGAAACCCACTACAGTTGAAAATGTCAATTATGGTGAATTAGAGGCTGAATCGAATAATATCGATTCACTTGAAGTTGTATCATCTGGT...
XM_057913806.1
CCGCAAAGAATTGAATAAATTAAAGTAAAATTAACTCCACACTCACCAAGGTGCGCCATTTCTAAACTTGTGGTAGCTGTGGATTGGTGGACATTCATGTGTCACTGACCATCAGTTCCTTTGGGAACATAAGTTCAGAACGTACTGTAAGACTTGAAATGGATTCAGACAGTATTGAAGAGAAACCCACTACAGTTGAAAATGTCAATTATGGTGAATTAGAGGCTGAATCGAATAATATCGATTCACTTGAAGTTGTA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130989729
ATGATTAGAAGACAAAATCCAGCTTGTGGTAGCTGTGGATTGGTGGACATTCATGTGTCACTGACCATCAGTTCCTTTGGGAACATAAGTTCAGAACGTACTGTAAGACTTGAAATGGATTCAGACAGTATTGAAGAGAAACCCACTACAGTTGAAAATGTCAATTATGGTGAATTAGAGGCTGAATCGAATAATATCGATTCACTTGAAGTTGTATCATCTGGTGGAGACACTATGCGCGAACTAGGAAGTGTAGCAGA...
LOC130989729
ATGCAAAAGATATGTGGTAGCTGTGGATTGGTGGACATTCATGTGTCACTGACCATCAGTTCCTTTGGGAACATAAGTTCAGAACGTACTGTAAGACTTGAAATGGATTCAGACAGTATTGAAGAGAAACCCACTACAGTTGAAAATGTCAATTATGGTGAATTAGAGGCTGAATCGAATAATATCGATTCACTTGAAGTTGTATCATCTGGTGGAGACACTATGCGCGAACTAGGAAGTGTAGCAGAAAATTTAACAAG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057769785.1
MIRRQNPACGSCGLVDIHVSLTISSFGNISSERTVRLEMDSDSIEEKPTTVENVNYGELEAESNNIDSLEVVSSGGDTMRELGSVAENLTRVELDIACSSEKLINLDILVMHVASRESDFEAFSLVEDHTVEGPMVKALEFDLLYGFLDSEVRVLENFLSALRTEIVSSREVVSSFSLLGDTFIEDKLRDCEDSLKHSFEQVSDLKEQAADFQRILFASSGDEKWKDNKEIGCLENNNSPDLSAKIKMQTAEQQRNILRM...
XP_057769786.1
MQKICGSCGLVDIHVSLTISSFGNISSERTVRLEMDSDSIEEKPTTVENVNYGELEAESNNIDSLEVVSSGGDTMRELGSVAENLTRVELDIACSSEKLINLDILVMHVASRESDFEAFSLVEDHTVEGPMVKALEFDLLYGFLDSEVRVLENFLSALRTEIVSSREVVSSFSLLGDTFIEDKLRDCEDSLKHSFEQVSDLKEQAADFQRILFASSGDEKWKDNKEIGCLENNNSPDLSAKIKMQTAEQQRNILRMLEKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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