当前解析结果
SmilChr06G002996| 统一新 Gene ID | SmilChr06G002996 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G002996 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G002996 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 42848369 - 42851800 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989731 |
|---|---|
| GeneID | 130989731 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989731 |
| 原始查询 | SmilChr06G002996 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=34.6; qcov=0.477; evalue=1.1e-35; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989731 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057769792.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057769792.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057769792.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057769792.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057769792.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:42849927 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A1,A19,A20,B103,B110,B113,B121,B13,B15,B42,B43,B51,B60,B8,B86,C2,C3,C32,C48,C68,C7,D6 |
Chr6:42849936 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,A25,B127,C55 |
Chr6:42849963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B26,C32 |
Chr6:42849965 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 50 | A15,A18,A21,A6,A7,A9,B1,B102,B104,B105,B109,B11,B117,B119,B125,B130,B134,B140,B24,B25,B27,B3,B31,B54,B63,B66,B67,B69,B71,B75,B80,B91,B93,B99,C14,C19,C25,C28,C29,C4,C41,C42,C45,C62,C63,C67,C78,C83,C87,D3 |
Chr6:42849981 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr6:42849989 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,C21 |
Chr6:42849991 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C1,C19,C51 |
Chr6:42850025 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B136,B46,C78 |
Chr6:42850025 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,B46,C78 |
Chr6:42850055 |
TGA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A10,B119,B26,B28,B85 |
Chr6:42850055 |
TGA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 5 | A10,B119,B26,B28,B85 |
Chr6:42850058 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。