当前解析结果
SmilChr06G003000| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003000 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003000 |
| 描述 | glutathione S-transferase T2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 42881353 - 42882329 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990994 |
|---|---|
| GeneID | 130990994 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990994 |
| 原始查询 | SmilChr06G003000 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase T2-like |
| 产物 | glutathione S-transferase T2-like |
| Arabidopsis | AT1G66235 (AT1G66235)no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939] identity=34.8; qcov=0.906; evalue=1.14e-45; confidence=low |
| Rice | Os06g0635500- identity=26; qcov=0.607; evalue=3.64e-11; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14303 (NAM-associated) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990994 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057771182.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771182.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771182.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771182.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057771182.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:42881396 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr6:42881423 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr6:42881439 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B92 |
Chr6:42881543 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,C23 |
Chr6:42881559 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr6:42881563 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr6:42881606 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr6:42881615 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A5,B137,B18,B19,B20,B38,B51,B55,B59,B63,B69,B70,B77,B80,B85,B87,B93,B94,C27,C31,C46,C87,D3 |
Chr6:42881661 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B126,C47,C8,C83,D3 |
Chr6:42881661 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B126,C47,C8,C83,D3 |
Chr6:42881707 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B115,B40,B45,B67,B7,B93,C25,C47,C68 |
Chr6:42881712 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | C27,C44 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771182.1PF14303
NAM-associated 93-249 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771182.1 |
Pfam | PF14303 |
NAM-associated | Family | 93 | 249 | 9.4e-16 | 59.8 | No apical meristem-associated C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。