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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003000

染色体: Chr06 坐标: 42881353-42882329 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003000
名称SmilChr06G003000
描述glutathione S-transferase T2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向42881353 - 42882329 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990994
GeneID130990994
locus_tag-
NCBI NameLOC130990994
原始查询SmilChr06G003000

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T2-like
产物glutathione S-transferase T2-like
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=34.8; qcov=0.906; evalue=1.14e-45; confidence=low
RiceOs06g0635500
-
identity=26; qcov=0.607; evalue=3.64e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF14303 (NAM-associated)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990994

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771182.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771182.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771182.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771182.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771182.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:42881396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr6:42881423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr6:42881439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B92
Chr6:42881543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C23
Chr6:42881559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr6:42881563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr6:42881606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr6:42881615 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 23 A5,B137,B18,B19,B20,B38,B51,B55,B59,B63,B69,B70,B77,B80,B85,B87,B93,B94,C27,C31,C46,C87,D3
Chr6:42881661 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 5 B126,C47,C8,C83,D3
Chr6:42881661 CT C 1bp_deletion CDS_variant 5 B126,C47,C8,C83,D3
Chr6:42881707 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 9 B115,B40,B45,B67,B7,B93,C25,C47,C68
Chr6:42881712 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C27,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771182.1
298 aa
N
1
149
298
NAM-associated
C
PF14303 NAM-associated 93-249 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771182.1 Pfam PF14303 NAM-associated Family 93 249 9.4e-16 59.8 No apical meristem-associated C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915199.1
ATGGATCTATCCCAAGATGGTGAAACAGGAATCTATCAAAAAAAAGATACCTTTTGGAAAGAAATTGTGAACGTATATAATAGTGACAAACCTTCTCCACATATTCCTGATCGAACCAAAAGATCGCTTGAAACTCGTATGCAAGTCATTATGAGTTCTCTTTCAAAATTCAAAGGATGCGTGCAACAAATCGAATATCTAAATCCAAGTGGCGCTTCTGAAAAAGATATTTTTGATCGTGCAAAACAATTACTGACGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990994
ATGGATCTATCCCAAGATGGTGAAACAGGAATCTATCAAAAAAAAGATACCTTTTGGAAAGAAATTGTGAACGTATATAATAGTGACAAACCTTCTCCACATATTCCTGATCGAACCAAAAGATCGCTTGAAACTCGTATGCAAGTCATTATGAGTTCTCTTTCAAAATTCAAAGGATGCGTGCAACAAATCGAATATCTAAATCCAAGTGGCGCTTCTGAAAAAGATATTTTTGATCGTGCAAAACAATTACTGACGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771182.1
MDLSQDGETGIYQKKDTFWKEIVNVYNSDKPSPHIPDRTKRSLETRMQVIMSSLSKFKGCVQQIEYLNPSGASEKDIFDRAKQLLTEDPRYKKGFKFEHVWPLMKDFVKFDCPSQRSSFQAETPPESPISPDGLSSFSINLSDGSGSGSGPTQRPDGVKKTKNKRKKGEDMSNILQAIDQGNKRLEEIMDNSSTKKDQIMQLQQQKIEAKKQALAFRKWEADNKILMIDTDNISDPIRRDYFKQEQTRIILKRQDGSGSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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