Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003002`

染色体: Chr06 坐标: 42896191-42896649 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003002`
名称	SmilChr06G003002
描述	uncharacterized SmilChr06G003002
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	42896191 - 42896649 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990996`
GeneID	`130990996`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990996`
原始查询	`SmilChr06G003002`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os02g0118800` - identity=27.2; qcov=0.967; evalue=8.71e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990996

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057771184.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057771184.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057771184.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771184.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771184.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:42896274`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr6:42896291`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B119,B35,C10,C9
`Chr6:42896291`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B119,B35,C10,C9
`Chr6:42896299`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A20
`Chr6:42896299`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A20
`Chr6:42896301`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B66,B82
`Chr6:42896315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B119,B35,C10,C79,C9
`Chr6:42896317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B29,B72,B97,D4
`Chr6:42896324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B54,D9
`Chr6:42896324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,D9
`Chr6:42896340`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B136,B8,C32,C68
`Chr6:42896342`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771184.1

152 aa

152

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 3-45 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771184.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	3	45	3.4e-07	31.5	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915201.1
ATGGCGACAGTTGATAATTTATTGAAAAGGAATGTGCCTATCTCAAACTCTGAATCAAGGTGTGCTCTGTGTCAAATGCAGCTCGAAGATGCCAATCATATTTTTCTCTCCTGCATTATGTCTGCTGGAATCTGGAACGAACTCCTCAGGTGGCTCGGCAAGCAGTCAGCTCTTCACTCAAATGCAATTGTCCATAGCTCGGCTTTCACAAATATTGGTAACAAAAAAGATGGTCAGTTTCTTGCGGGTGTGTGGATGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990996
ATGGCGACAGTTGATAATTTATTGAAAAGGAATGTGCCTATCTCAAACTCTGAATCAAGGTGTGCTCTGTGTCAAATGCAGCTCGAAGATGCCAATCATATTTTTCTCTCCTGCATTATGTCTGCTGGAATCTGGAACGAACTCCTCAGGTGGCTCGGCAAGCAGTCAGCTCTTCACTCAAATGCAATTGTCCATAGCTCGGCTTTCACAAATATTGGTAACAAAAAAGATGGTCAGTTTCTTGCGGGTGTGTGGATGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771184.1
MATVDNLLKRNVPISNSESRCALCQMQLEDANHIFLSCIMSAGIWNELLRWLGKQSALHSNAIVHSSAFTNIGNKKDGQFLAGVWMCTVWCIWKGRNEVRFNHGKWAQDKMVAEIKSRLWSWKQAYNLRIPTEDFRAWFAAANLEESGAERN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器